HiChIP通过裂解细胞前就在细胞核中交联,从而降低假阳性,最大化提高DNA contact的捕获效率。然后收集细胞核,在原位产生Hi-C交联,利用生物素标记DNA末端。接着进行细胞核的裂解,超声打断DNA,后续用特异性的抗体进行ChIP实验。得到DNA蛋白复合物后,进行DNA洗脱和反向交联。随后,进行生物素捕获Hi-C交联和文库制备,上机...
小诺课堂第90期-HiChIP、ChIP-seq联合解析人类子宫内膜癌细胞系暴露于E2后的3D基因组变化 奥百诺生物 17 0 小诺课堂第98期-组织中的Hi-C分析揭示了3D染色质调控的乳腺肿瘤异质性和肿瘤特异性环化介导的生物学途径 奥百诺生物 4 0 小诺课堂第45期-scRNA-seq、snATAC-seq、Hi-C等技术联合破译COPD关联基因HHIP...
- HiChIP (PLAC-seq)：结合HiChIP和PLAC-seq技术。Hi-C Proximity Ligation-dependent - Targeted DNase...
但是当分辨率在千基尺度(kilobase)时,复杂的结构和数据分布使Hi-C接触热图变得嘈杂。迄今为止,染色质环的全基因组图谱,特别是TADs中的增强子启动子相互作用,仍然是Hi-C分析的一个主要挑战。因此,科学家们开发了相关技术,比如通过对端标...
随着CUT&Tag技术的普及,凭借其低细胞量,超高信噪比,测序量少,实验流程简单等优势,正以破竹之势替代ChIP-seq,应用文章数量也逐年攀升。因此,人们很容易想到是否能将Hi-C与CUT&Tag联合起来开发新技术从而优化甚至替代HiChIP等技术。 2022年3月,来自美国宾夕法尼亚大学的研究团队通过将最新的Hi-C 3.0策略与CUT&Tag...
基因芯片检测 鸡80K功能位点基因芯片猪80k功能位点基因芯片 功能位点基因芯片定制 基因组算法软件开发 育种平台原型中台核心算法 科研服务 表观遗传研究 ATAC-seqCUT&TagChIP-seqHi-CHiChIP/ChIA-PETCapture Hi-CGRID-seqDNA甲基化 NGS测序 基因组重测序转录组测序人全外显子测序捕获测序微生物测序...
HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件,能够直接输出后面可视化需要的矩阵文件和.bed文件,换句话说它就是一个封装的数据处理pipeline。 但安装比较麻烦,需要手动修改config。 HiC-Pro的运作流程: HiC-Pro下载和环境准备: 我还是把环境变量都装在anaconda里了 #HiC-Pro下载 git clone https://github.com/nservant...
HiChIP (in situHi-C followed by chromatin immunoprecipitation):该技术是一种利用原位Hi-C原理和转座酶介导构建文库来解析染色质构象的方法。 3. 利用Hi-C数据分析拓扑关联结构域(TAD) 现在Hi-C测序是应用最广泛的三维基因组学技术,对Hi-C数据的处理,构建Hi-C互作图谱和鉴定TAD结构域是最关键的问题,也发展了...
Hi-C HiChIP ChIA-PET GRID-seq ChRD-PET RIC-seq FISH技术 单细胞生物学技术 单细胞转录组技术 单细胞ATAC-seq 生信分析 RNA-seq标准化分析 ATAC-seq标准化分析 CUT&Tag标准化分析 WGBS标准化分析 ChIP-seq标准化分析 Hi-C标准化分析 HiChIP标准化分析 ChIA-PET标准化分析 GRID-seq标准化...
迄今为止,染色质环的全基因组图谱,特别是TADs中的增强子启动子相互作用,仍然是Hi-C分析的一个主要挑战。因此,科学家们开发了相关技术,比如通过对端标签测序(ChIA-PET)分析染色质相互作用,启动子捕获Hi-C(pcHi-C), HiChIP/邻近连接辅助芯片- seq(place - seq)等,以在靶标位点获得更好的信噪比。