biotype == "protein_coding") %>% # For protein-coding genes only subset(., chr %in% c(1:22, 'X')) # On autosomes and X chromosome# Make X chromosome numeric for compatibility with Hi-C data conventionshg19_symbols$chr[hg19_symbols$chr =...
cell line用于选择细胞系,提供了K562和GM06690两种细胞系的数据,x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化之后的数据还是原始数据,或者是相关性的结果,Color Range指定颜色的映射范围,选择好数据之后,点击View窗口可以查看某两条染色体间的相互作用图谱。 通过这个...
x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化之后的数据还是原始数据,或者是相关性的结果,Color Range指定颜色的映射范围,选择好数据之后,点击View窗...
## 如果有ATAC 测序数据,则ATAC narrowPeak文件可以作为 seed 输入,辅助计算PC1 mm10=~/data/database/Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa seed=~/data/hic/homer/seed_active/ output=~/data/hic/homer/compartment/ runHiCpca.pl ${output}-500k ${tagdir}/CT -cpu 20 -res 500000 -genome $mm10...
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition. 本文总结了Hi-C原始数据处理流程,以及不同Hi-C数据格式之间的转换。 一、比对 1、工具安装 工具:Hi-CPro 软件:https://github.com/nservant/HiC-Pro 选择最新的安装包下载,按照官网的步骤安装软件及依赖软件。
在真核细胞的染色体的背景,染色质随机没在房间原子核被散布,但是相反被组织成高顺序的结构.新兴的证据显示这些高顺序的染色质结构在调整象抄写和 DNA 复制那样的染色体功能起重要作用.与在 3C (染色体符合构造俘获) 的前进基于技术, Hi-C 广泛地被用来在细胞的区别和 oncogenesis 期间调查染色体宽的 longrange ...
cell line用于选择细胞系,提供了K562和GM06690两种细胞系的数据,x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化之后的数据还是原始数据,或者是相关性的结果,Color Range指定颜色的映射范围,选择好数据之后,点击View窗口可以查看某两条染色体间的相互作用图谱。
Software tools for Hi-C data analysis Hi-C可视化 image.png 数据分析 序列过滤 过滤原理 数据矫正 为什么要做数据矫正? Eitan Yaffe & Amos Tanay;2011 数据矫正效果 可做的分析 1.cis/trans互作比例 2.互作频率与距离有关 3.compartment分析 4.TAD分析 ...
Figure1illustrates the overall framework of HiCPlus. To train the ConvNet model, we first generate a high-resolution matrix (10 kb) with deeply sequenced Hi-C data, such as those from GM12878 or IMR90 cells. Next, we down-sample the sequencing reads to 1/16 and construct another inter...
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