1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min,但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率,需要严格控制。 2、酶切序列 用限制性内切酶切割基因组,打断后的片段大小会影响测序分辨率,一般有两种酶可供选择:6bp 的限制性内切酶,4bp 的限...
Hi-C建库的周期较长,要求较高,因此在实验这一块有几个质控点: 首先是甲醛交联质控,这一步的目的:1、是检测甲醛交联的效果,如果交联效果良好,则提取DNA跑胶图看不到DNA条带(图一泳道1),解交联的样品可以看到明显的DNA条带(图一泳道2),2、检测样本DNA的完整性,要求样本DNA完整无降解(图一,泳道2) 然后是酶...
Hi-C与普通二代测序(如全基因组重测序等)最大的区别在于前期建库时对构象的固定与捕获,Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如...
Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相结合而产生的一种新技术。通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起从而固定DNA的构象,并进行酶切、生物素引入、酶连和提取,然后对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序,最终通过对测序数据进行分析即可揭示染色体片段间的交...
1、使用甲醛使细胞核内空间上靠近的DNA片段形成共价键 2、使用内切酶将染色质片段化 3、用生物酰化的核酸分子连接酶切形成粘性末端 4、纯化并片段化DNA,用链霉亲和素的磁珠富集喊生物酰化的连接片段 5、对收集的片段建库并进行双末端测序 Hi-C数据处理: ...
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
Step1:利用甲醛将细胞核内自然状态下的DNA与蛋白质相交联,使空间上接近的DNA被固定住; Step2:使用限制性内切酶将基因组DNA切开并用带有生物素的碱基补平酶切末端; Step3:DNA平末端连接,将空间位置上固定在一起的片段连接起来形成嵌合体DNA; Step4:片段解交联并使用超声波打断,利用生物素进行捕获获得嵌合体DNA片段...
Hi-C与普通二代测序(如全基因组重测序等)最大的区别在于前期建库时对构象的固定与捕获,Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-...
Hi-C是一种染色质区域捕获与高通量测序相结合的新技术。其原理是通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起,从而固定DNA的构象。然后进行酶切、生物素引入、酶连和提取,对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序。通过对测序数据进行分析,可以揭示染色体片段间的交互信息,仅利用单个个体就可以将基因组序列定位到染色体,从而...