1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min,但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率,需要严格控制。 2、酶切序列 用限制性内切酶切割基因组,打断后的片段大小会影响测序分辨率,一般有两种酶可供选择:6bp 的限制性内切酶,4bp 的限...
Hi-C建库质控 Hi-C建库的周期较长,要求较高,因此在实验这一块有几个质控点: 首先是甲醛交联质控,这一步的目的:1、是检测甲醛交联的效果,如果交联效果良好,则提取DNA跑胶图看不到DNA条带(图一泳道1),解交联的样品可以看到明显的DNA条带(图一泳道2),2、检测样本DNA的完整性,要求样本DNA完整无降解(图一,泳...
Hi-C与普通二代测序(如全基因组重测序等)最大的区别在于前期建库时对构象的固定与捕获,Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如...
文中利用二代BAC文库测序,三代PacBio测序及北京百迈客生物科技有限公司的Hi-C建库测序技术,并结合明瑞光课题组独立研发的ALLHiC算法成功地将甘蔗基因组组装到染色体水平,高质量甘蔗基因组的获得印证了百迈客Hi-C研究在科研领域中的绝对优势[4]。 甘蔗同源多倍体甘蔗基因组Hi-C热图 05 2018年5月8日,中国农业科学院...
Hi-C适合测试所有的包括特异和非特异性的交互作用,因此是全方位的,但其分辨率较低,且噪声高。 Hi-C原理: 1、使用甲醛使细胞核内空间上靠近的DNA片段形成共价键 2、使用内切酶将染色质片段化 3、用生物酰化的核酸分子连接酶切形成粘性末端 4、纯化并片段化DNA,用链霉亲和素的磁珠富集喊生物酰化的连接片段...
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
Hi-C的实验技术是由3C技术演化,融入了生物素捕获和高通量测序而来的。通过图1所示标准实验流程[1],我们最终将获得全基因组范围内空间距离接近的DNA序列信息。 来百度APP畅享高清图片 Step1:利用甲醛将细胞核内自然状态下的DNA与蛋白质相交联,使空间上接近的DNA被固定住; ...
通过甲醛处理将DNA与蛋白质交联在一起从而固定DNA的构象,并进行酶切、生物素引入、酶连和提取,然后对处理好的核酸进行文库构建和高通量测序,最终通过对测序数据进行分析即可揭示染色体片段间的交互信息。 该技术仅利用单个个体就可以将基因组序列定位到染色体,从而进行染色体水平的研究。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等...
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
Hi-C与普通二代测序(如全基因组重测序等)最大的区别在于前期建库时对构象的固定与捕获,Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-...