. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
通常认为染色质是独立折叠定位在细胞核中形成染色质领域的,因此染色质间的数据通常会认为是无效数据(bais)。 直到2012年Chen Lin实验室意识到细胞核的扰动会影响到染色质的高级构象,因此他们在Hi-C实验的基础上,将生物素标记在蛋白上,将反应体系固定在磁珠上,使得反应体系扰动更小,更稳定,TCC2)获得的数据结果表明...
通过Hi-C Pearson相关矩阵分析发现,胰腺癌转移过程中,A/B区室转换显著,为了研究表观遗传特征在A/B区室转换之间的关联,作者利用组蛋白修饰的ChIP数据分析了跨区室的染色质可及性,与常规理解一致,A区室具有更高的活性组蛋白修饰状态。此外,转录组数据表明,位于从A到B的隔室中的基因表达趋于降低,而位于从B到A的隔...
文献解读|使用hi-C数据辅助埃及伊蚊基因组的组装 早在2013年的时候, 就已经有科学家提出了利用Hi-C数据来辅助基因组组装的思路,可以将scaffold进一步提升到染色体级别的长度,并提供了配套的分析软件LACHESIS。该软件默认输入的基因组组装结果完全正确,后续的操作都是建立在这个前提下。然而实际情况中,受到组装算法的限制...
结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章，比如Rao 2014 那种。Visuali...
早在2013年的时候, 就已经有科学家提出了利用Hi-C数据来辅助基因组组装的思路,可以将scaffold进一步提升到染色体级别的长度,并提供了配套的分析软件LACHESIS。该软件默认输入的基因组组装结果完全正确,后续的操作都是建立在这个前提下。然而实际情况中,受到组装算法的限制,基因组草图中会存在拼接错误的情况。 在2017年的...
Hi-C文库数据质控及解读 数据自身的质量在很大程度上决定了分析结果的准确和可靠,随着Hi-C技术在三维基因组学上的快速推广,对于Hi-C数据本身的质量和测序深度也逐渐引起研究人员的重视。同时对该技术的进一步优化和改进使之能够在更少的细胞起始量及测序量达到更高分辨率也成为了一个技术发展新的热点。本文旨在对Hi...
Hi-C的发明与二代测序完美结合,解决了5C在全基因组水平构象数据量瓶颈的问题,使得在全局范围内研究三维结构成为可能。 图1.Hi-C实验原理 早期的实验方案认为,去垢剂SDS在对交联的细胞核进行处理时,即使是低浓度的SDS(0.3%-1%SDS)在加热到65℃时,会导致细胞核碎裂,基因组的DNA会释放到溶液中,因此第一版本的...
前期利用Hi-C数据,作者确定了600多个具有loop重编程并与胰腺癌转移相关的基因,为了验证Hi-C的结果,作者分析了GEO数据库中原发癌与转移癌的差异基因,对Hi-C和转录组的结果进行重叠后,作者确定了3个关键基因,这些基因与Capan-1特异性增强子成环并在胰腺癌的远处转移组织中上调。其中,LIPC变化最大,作者基于H3K27ac...
早在2013年的时候, 就已经有科学家提出了利用Hi-C数据来辅助基因组组装的思路,可以将scaffold进一步提升到染色体级别的长度,并提供了配套的分析软件LACHESIS。该软件默认输入的基因组组装结果完全正确,后续的操作都是建立在这个前提下。然而实际情况中,受到组装算法的限制,基因组草图中会存在拼接错误的情...