通过Hi-C技术可以获得全基因组范围内的互作信息,得到染色体三个层级的三维结构:A/B compartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质环(loop)。 A/B compartment 染色质划分为A、B两种compartments: A compartments:常染色质,松散染色质状态、高基因密度、转录活跃...
作者就采用了Hi-C测序技术探索了鸡卵泡颗粒细胞的染色质结构、染色质区室、TADs和染色质环在三个不同的发育时期是否存在差异,结果显示卵泡发育过程中染色质结构的整体重排与转录组的分化存在一致性。
上篇Hi-C专题文章提到染色质3D结构分为4个层级:染色质疆域、染色质区室、拓扑关联结构域和染色质环。Hi-C测序后文章的分析思路也是从这几个方面展开,包括Hi-C互作热图分析,区室(compartåments)鉴定与分析,拓扑关联结构域(TADs)分析,染色质环(chromatin loops)分析。 我们先从几篇Hi-C的高分文章谈谈联合分析的...
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数...
在互作不同层级的基础上（即染色质区室A/B Compartment 、拓扑结构域TAD与染色质环loop），重构不同...
染色质环(loop) DNA在CTCF等蛋白质的介导下形成远距离互作,这种结构通常称为loop结构。通过Hi-C可以检测到线性距离很远而空间距离被拉至很近的DNA片段,即peak位点,它们之间的交互频率往往高于线性上相邻的片段,以peak位点来确定loop位置。 同样loop结构在不同时空下(组织、发育阶段、状态等)会有一些动态变化,且通过...
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数据定制的计算方法,可从少量单细胞中以高分辨率和高准确度识别染色质环。
Hi-C,一种衍生于染色体构象捕获技术(3C)的高通量技术,实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测,可得到染色体三个层级的三维结构:A/B compartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质环(loop)。 其中大多数调控相互作用被认为发生在TADs中,而TADs结构功能与疾病的发展相关,包括一些癌症,例如破坏TADs形成的边界...
Loop(染色质环)将线性距离很远的位点拉至空间距离很近,在Hi-C图谱中表现为峰值位点(peak loci),该peak位点通常一端为启动子,另一端为增强子,Loop将启动子和增强子拉至空间很近的距离,从而调控基因的表达,存在这种loop(启动子-增强子环)相关基因的表达量将几倍甚至几十倍的增加。loop通常与DNAase-seq或者ATAC-seq...
Loop(染色质环) Loop(染色质环)将线性距离很远的位点拉至空间距离很近,在Hi-C图谱中表现为峰值位点(peak loci),该peak位点通常一端为启动子,另一端为增强子,Loop将启动子和增强子拉至空间很近的距离,从而调控基因的表达,存在这种loop(启动子-增强子环)相关基因的表达量将几倍甚至几十倍的增加。loop通常与DNAase...