将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接处由于是基因组外...
通过这些实验流程，并基于生物信息学数据分析，Hi-C技术能够获得全基因组范围内所有序列间的互作信息，从而揭示基因的空间远程调控机制，重构染色质三维空间结构模型。准确的信息分析结果源于良好的实验数据的获得，由于Hi-C技术对实验操作的要求较高，为了准确评估实验过程的无误性，追踪溯源，因此我们会对实验过程进行严...
Hi-C(High-throughput Chromosome Conformation Capture)技术是一种用于研究全基因组范围内染色质相互作用的高通量实验方法,结合二代或三代测序技术,能够全面解析染色质的三维结构和基因调控网络。下面为你介绍其原理: 染色质交联。 用甲醛等化学交联剂处理细胞,使空间上相互靠近的染色质片段(包括DNA与蛋白质、蛋白质与...
另外为了让更多科研工作者体验Hi-C建库,百迈客在成功构建多种物种Hi-C建库测序的经验上,正式推出了Biomarker Hi-C Library Prep Kit for Illumina。 Biomarker Hi-C Library Prep Kit for Illumina涵盖了Hi-C实验全部环节,包括甲醛交联、Hi-C提取和Hi-C文库构建,适用于细胞系、动物和植物组织样本。1套Hi-C试剂...
1.5 Hi-C实验原理 Hi-C实验原理 1.6 二代文库构建及测序 二代文库进行片段筛选400-600bp的片段,实际插入片段长度为300-500bp 一般测序读长:PE150 二代测序 1.7 Hi-C实际文库类型 将HIC数据进行比对是会出现不同的比对情况,我们需要的是 。对单端匹配、多处比对、未比对的reads进行过滤。
一、技术原理 Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相结合而产生的一种新技术。 以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。
Hi-C原理: 1、使用甲醛使细胞核内空间上靠近的DNA片段形成共价键 2、使用内切酶将染色质片段化 3、用生物酰化的核酸分子连接酶切形成粘性末端 4、纯化并片段化DNA,用链霉亲和素的磁珠富集喊生物酰化的连接片段 5、对收集的片段建库并进行双末端测序
二、原理及步骤 三、三维基因组检测技术比较 1、C技术 3C(一对一) 4C(一对多) 5C(多对多) Hi-C(全部互作) 2、基于免疫沉淀技术 ...