Hi-C实验步骤繁多,一份好的Hi-C实验数据需要实验人员针对不同的样本进行实验优化及在整个实验周期中的每个步骤用心地操作。出现不如人意的实验结果对于新手而言是正常的,此时就要对数据进行仔细分析,并将自己融入到实验的每个细节中细细体会,才会有所收获。最后给大家一个建议,多看看最近发表的文章,比较每个protocol的...
Hi-C 的上游分析指的就是到这个 Contact Map 之前的部分, 很多 Hi-C 分析的流程默认就是做到这里。 Contact Map 的文件格式就有很多了,不同流程间非常不统一, 比如说 Aiden Lab 开发的 Juicer 输出的是 .hic 文件, MIT mirnylab 的 hiclib 输出的是他们自己搞出来的基于 hdf5 的文件, HiC-Pro 是一种文...
Hi-C实验步骤繁多,一份好的Hi-C实验数据需要实验人员针对不同的样本进行实验优化及在整个实验周期每个步骤用心地操作。出现不如人意的实验结果对于新手而言是正常的,此时就要对数据进行仔细分析,并将自己融入到实验的每个细节中细细体会,才会有所收获。最后给大家一个建议,多看看最近发表的文章,比较每个protocol的细微...
Hi-C实验步骤繁多,一份好的Hi-C实验数据需要实验人员针对不同的样本进行实验优化及在整个实验周期每个步骤用心地操作。出现不如人意的实验结果对于新手而言是正常的,此时就要对数据进行仔细分析,并将自己融入到实验的每个细节中细细体会,才会有所收获。最后给大家一个建议,多看看最近发表的文章,比较每个protocol的细微...
分析代码会在博客(www.zilhua.com)以protocol的形式发表 4 HI-C分析工具包 3D基因组之Hi-C数据分析 1 数据过滤(质量筛选,NGS必做^_^) 2 分析HiC数据,得到自己设定分辨率(例如100kb)的热图(由于这部分需要下载基因组,网速较慢,下期介绍) 3 Hi-C数据可视化以及Find Topologically Associating Domains ...
Hi-C技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 目前,对于Hi-C技术的应用也面临着诸多挑战,比如需要建立能够获得可重复性的3D构象数据、实现良好的控制性及条件优化的protocol;需要捕获所有的染色质...
(New England Biolabs) and monitored for maximal digestion of the chromatin template, thus digestion times ranged from 24-72 hr. All other parts of the Hi-C protocol, including library preparation were performed as previously described. 75 bp paired-end sequencing was performed for each library ...
Hi-C实战|重复一篇Hi-C论文的主要结论|Part3文献Methods解读和Hi-C文库质量分析 解读Fig 1 来自原文 Fig 1A就是本文章的设计思路,大致就是在mESCs细胞中的CTCF终止密码子后边引入了一个44AA的AID标签蛋白,后面又连了一个eGFP绿色荧光蛋白. 通过这种手段构造了一个新的细胞系叫做CTCF-AID细胞系, 具有如下特性: ...
最近(2017年),Belaghzal等人报道了一种能够实现kb分辨率的Hi-C 2.0 protocol。关键改进是去除消化后的SDS增溶步骤,以保存核结构,并通过完整核内的连接来防止碎片染色质之间的随机连接,从而形成了原位Hi-C的基础。2021年,Lafontaine等人报道了Hi-C 3.0,通过与甲醛和戊二酸二丁二酰亚胺(DSG)的加强交联,实现了更高...
protocol:故名思意,就是指定协议。常用的协议有,IPPROTO_TCP、IPPTOTO_UDP、IPPROTO_SCTP、IPPROTO_TIPC等,它们分别对应TCP传输协议、UDP传输协议、STCP传输协议、TIPC传输协议。 bind()函数 正如上面所说bind()函数把一个地址族中的特定地址赋给socket。例如对应AF_INET、AF_INET6就是把一个ipv4或ipv6地址和端口...