基因组坐标转换hg19、hg38 https://www.zxzyl.com/archives/834 CrossMap CrossMap支持SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF格式。支持的格式较多,用起来方便。 软件网址:http://crossmap.sourceforge.net/ 安装:pip install CrossMap 当然也可以从源码编译安装,官网有说明(http://crossmap.sourceforge.ne...
vcf ~/data/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz test.snp.hg19.vcf \ ~/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta test.snp.hg38.vcf 可以把snp和indel的vcf文件都转换一下,然后拿到的转换好的文件如下: 1.3M Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf 23K Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf.unmap 1003K Jun 1...
vcf ~/data/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz test.snp.hg19.vcf \ ~/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta test.snp.hg38.vcf 可以把snp和indel的vcf文件都转换一下,然后拿到的转换好的文件如下: 1.3M Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf 23K Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf.unmap 1003K Jun 1...
vcf ~/data/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz test.snp.hg19.vcf \ ~/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta test.snp.hg38.vcf 可以把snp和indel的vcf文件都转换一下,然后拿到的转换好的文件如下: 1.3M Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf 23K Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf.unmap 1003K Jun 1...
如果我们要比较的两个vcf文件的参考基因组版本不一致就需要使用crossmap等软件进行参考基因组版本转换然后里使用snpsift软件的concordance命令比较它们 hg19转为hg38后居然会导致坐标排序发生变化 如果我们要比较的两个vcf文件的参考基因组版本不一致,就需要使用CrossMap等软件进行参考基因组版本转换,然后里使用 SnpSift 软件...
CrossMap支持SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF格式。支持的格式较多,用起来方便。 软件网址:http://crossmap.sourceforge.net/ 安装:pip install CrossMap 当然也可以从源码编译安装,官网有说明(http://crossmap.sourceforge.net/#install-crossmap-from-source-code)。