1、下载坐标转换对应文件,hg38到hg19 #hg19到hg38网址:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz gunzip hg38ToHg19.over.chain.gz 2、下载转换工具 wget -c http://h...
现在越来愈多测序数据使用hg38版本,但是很多过去的测序数据使用的是hg19版本,如何进行版本转化,推荐以下两篇文章: Lablueee's websiteliftover基因组版本直接的coordinate转换 | 生信菜鸟团
网址:https://genome./cgi-bin/hgLiftOver 流程:选择待转化的版本号和转化后的版本号,输入染色体区段,提交,下载转化后结果; 待转化的版本号 新的版本号 点击“submit”,得到.bed文件,即可得到 注:hg38和hg19的区别 1、改变了之前的一些测序错误,组装错误。直观的例子有 degenerate bases 少了很多。 2、补上了...
#下载坐标转换对应文件,hg38到hg19#hg19到hg38网址:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gzwget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz gunzip hg38ToHg19.over.chain.gz#下载转换工具wget -c http://hgdownload.c...
2 下载坐标转换对应文件,hg38TOhg19 wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz gunzip hg38ToHg19.over.chain.gz 3 下载转换工具 wget-c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver ...
当你的数据或文献版本不一致时,如hg19数据与hg38文献,可以借助UCSC提供的工具liftover进行转换。liftover的功能是将不同基因组版本之间的位置信息进行映射,它需要三个关键参数:hg19的坐标文件、hg38的坐标文件以及两者之间的chain文件,用于建立基因座对应关系。bw文件,即bigwig文件,虽然包含了坐标和信号...
基因组坐标转换hg19、hg38 https://www.zxzyl.com/archives/834 CrossMap CrossMap支持SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF格式。支持的格式较多,用起来方便。 软件网址:http://crossmap.sourceforge.net/ 安装:pip install CrossMap 当然也可以从源码编译安装,官网有说明(http://crossmap.sourceforge....
也就是说,人类的参考基因组在由hg19进化到hg38的时候,不仅仅是片段的自然扩充,还包括一些以前组装顺序弄错了的片段的纠正。 这样坐标乱序的vcf文件,在很多下游分析都是不友好的,所以可以使用下面的代码进行简单过滤。 input=test.snps.VQSR.vcf cat$input| java -jar ~/biosoft/snpEff/SnpSift.jar filter"( DP...
也就是说,人类的参考基因组在由hg19进化到hg38的时候,不仅仅是片段的自然扩充,还包括一些以前组装顺序弄错了的片段的纠正。 这样坐标乱序的vcf文件,在很多下游分析都是不友好的,所以可以使用下面的代码进行简单过滤。 input=test.snps.VQSR.vcf cat$input| java -jar ~/biosoft/snpEff/SnpSift.jar filter"( DP...
hg19转为hg38后居然会导致坐标排序发生变化 如果我们要比较的两个vcf文件的参考基因组版本不一致,就需要使用CrossMap等软件进行参考基因组版本转换,然后里使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令比较它们。其中CrossMap软件依赖pyBigWig,使用conda进行安装,代码如下:...