热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) 1. ## 载入需要的程辑包:grid 1. ## === ## ComplexHeatmap version 2.8.0 ## Bioconductor page: http://...
热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例中的颜色映射函数中的break与显式的并不完全一样 例如 col_fun <- colorRamp2( ...
heatmap_legend_param = list(title = "Alternations", at = c("HOMDEL", "AMP", "MUT"), labels = c("Deep deletion", "Amplification", "Mutation")) oncoPrint(mat, alter_fun = alter_fun, col = col, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param ) ## All mutation types: MUT, AMP, H...
show_heatmap_legend=T,#show legend or not heatmap_legend_param=list(title="Pearson_correlation",title_position="leftcenter-rot",at=c(0,0.2,1.2),labels=c("A","B","C"))#the parameters of legendsplit=c(c(3,3,3),c(4,4)),#沿行进行分割。对于此例来说,数据一共五行,在第三行与第...
heatmap_legend_param参数设定图例的格式(标题,位置,方向,高度等) Heatmap(df_scaled,heatmap_legend_param=list(title="legend",## 标题title_position="",## 位置legend_height=unit(4,"cm"),## 高度legend_direction="vertical"))## 方向、vertical竖直,horizontal横直 ...
heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 三 添加注释 3.1 添加临床注释信息 pdata<-cli head(pdata) #对应患者pdata <- subset(pdata,pdata$sampleID%in% colnames(mat))mat <- mat[, pdata$sampleID]#定义注释信息ha<-HeatmapAnnotatio...
show_heatmap_legend = TRUE, 是否展示图例 heatmap_legend_param = list(title = name), #heatmap_legend_param:热图图例设置(标题,位置,方向,高度等)参数列表,详情可见color_mapping_legend,ColorMapping-method。例如:heatmap_legend_param = list(title= “legend”, title_position =“topcenter”, ...
控制整体图形的参数: heatmap_width = unit(1, "npc"),heatmap_height = unit(1, "npc")图形高/宽度 row_gap = unit(1, "mm"),column_gap = unit(1, "mm")子图空隙 控制图注的参数: show_heatmap_legend是否展示图注 heatmap_legend_param图注参数(list(at = c(-2, 0, 2), labels =c(-2...
column_title = column_title, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param) 颜色、字体、位置等修改可以参考参数自行设置 #添加临床信息的注释 pdata<-read.csv(file="KICH-clininc.csv",row.names =1) sOrder <- order(pdata$stage, ...