对于字符矩阵,只能使用row/column_split来分隔热图 Heatmap( discrete_mat, name = "expression", col = 3:6, row_split = discrete_mat[, 1] ) 6.3 按树形图分割 有时候,我们希望的是根据层次聚类的结果来对矩阵进行分割,而不是先分割再聚类,这时,可以为row/column_split设置单个数值 Heatmap( exp, name...
以下参数控制拆分:row_km, row_split, column_km, column_split。比如上面我们用column_split就是把列分成了3个部分。row_km和column_km是按照 k-means方法分割,就如我们上述指定的column方法是按距离分割,这是两个不一样的分割算法。而row_split或者column_split可以设置为分类向量或数据框,从分割算法来看是和默...
split=c(rep(c("A","B"),10),rep("C",4))ha=HeatmapAnnotation(foo=anno_block(gp=gpar(fill=2:6),labels=c("AA","BB","CC")))col_fun=colorRamp2(c(0,5,10,20),c("white","cornflowerblue","yellow","red")) 使用column_split 函数即可按照指定拆分 代码语言:javascript 复制 Heatmap(...
Heatmap(matrix=mat,name='mat',column_split=factor(rep(c('A','B'),7),'A'),row_split=factor(rep(c('A','B'),7),'B')) 而基于数据框: Heatmap(matrix=mat,name='mat',column_split=data.frame(c(rep(c('A','B'),7),'A'),c(rep(c('C','D'),each=7),'D'))) 其实也很...
column_title = "set a color vector for a continuous matrix") 如果矩阵包含离散值(数字或字符),颜色应指定为命名向量,使离散值映射到颜色成为可能。注意现在图例是由颜色映射向量生成的。 下面为离散数字矩阵设置颜色(不需要将其转换为字符矩阵)。
从pheatmap迁移⾄ComplexHeatmap时，你⽆需添加任何额外的步骤，你只需要载 ⼊ComplexHeatmap⽽不是pheatmap包，然后重新运⾏你原始的pheatmap代码。剩下的你只是去见证奇迹的发⽣。注意如下五个pheatmap::pheatmap()的参数在ComplexHeatmap::pheatmap()中被忽视:kmeans_k:在pheatmap::pheatmap()中，如果这个...
Heatmap(mat, name ="mat", row_km =2, column_km =3) plot of chunk unnamed-chunk-44 2.7.2 通过离散型变量分割 # split by a vector Heatmap(mat, name ="mat", row_split = rep(c("A","B"),9), column_split = rep(c("C","D"),12)) ...
使用column_split 函数即可按照指定拆分 Heatmap(mat, name = "mat_cluster", column_split = split, top_annotation = ha, cluster_rows = T, cluster_columns = F, #rect_gp = gpar(col="white"), #添加白色格子线 column_title = NULL)
Heatmap(mat,name = "mat_cluster",column_split = split,top_annotation = ha,cluster_rows = T,cluster_columns = F,#rect_gp = gpar(col="white"), #添加白色格子线column_title = NULL) 3.3 根据富集结果添加行注释 文献中经常见到 一些基因富集的通路作为 行注释的图,怎么实现呢?
heatmap(mat, name = "mat_cluster", column_split = split, top_annotation = ha, cluster_rows = t, cluster_columns = f, #rect_gp = gpar(col="white"), #添加白色格子线 column_title = null) 3.3 根据富集结果添加...