在传统量子化学领域,hdf5格式的文件就得到了大量的使用,在分子动力学中使用hdf5格式有向上兼容的一层含义。 在确定需要选择hdf5格式的文件作为分子动力学轨迹的存储格式之后,我们需要考虑下一步如何在已有的可视化软件,如VMD中,去展示hdf5格式的轨迹文件。有一个开源软件叫VMD-h5mdplugin专门支持了在VMD上显示hdf5格式的...
相比于明文存储和传统的一些数据存储方法,HDF5格式的文件非常适合用于存储分子动力学模拟过程中产生的庞大轨迹文件,不仅有良好的可读性,还有非常优秀的压缩率,使得存储下来的轨迹文件不至于太大。而相应的,我们也需要一些配套的可视化软件,用来展示HDF5文件中存储的内容。本文所介绍的改进版的VMD-h5mdplugin插件,可以在VM...
而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件——hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式,对于规模较大的数据集有很好的性能支持。 安装hdf5插件 这里本地使用的是Ubuntu20.04的系统,如果是...
在传统量子化学领域,hdf5格式的文件就得到了大量的使用,在分子动力学中使用hdf5格式有向上兼容的一层含义。 在确定需要选择hdf5格式的文件作为分子动力学轨迹的存储格式之后,我们需要考虑下一步如何在已有的可视化软件,如VMD中,去展示hdf5格式的轨迹文件。有一个开源软件叫VMD-h5mdplugin专门支持了在VMD上显示hdf5格式的...
最终实现hdf5文件的可视化,方便直观就像一层层打开文件夹一样 python对于HDF5的操作 importh6py#导入工具包importnumpyasnp#HDF5的写入:imgData = np.zeros((30,3,128,256)) f = h6py.File('HDF5_FILE.h6','w')#创建一个h6文件,文件指针是ff['data'] = imgData#将数据写入文件的主键data下面f['labels...
python可视化hdf5文件的操作 python可视化hdf5⽂件的操作对于⼀些复杂的hdf5⽂件，通过可视化的⽅法可以⽐较容易的了解⽂件的内部结构，下⾯介绍基于python的⼀个hdf5⽂件的安装使⽤⽅法1 安装vitables⼯具包 命令 pip install vitables 2 安装完成后在终端中使⽤命令 vitables ⽂件名.hdf5 最终...
进入anaconda-navigator之后,如果提示更新,就执行conda install anaconda anaconda-navigator命令,这个命令会自动安装最新版的anaconda和anaconda-navigator。 升级之前,这个地方是这样的 升级之后就没有提示了。 打开anaconda-navigator 的时候 libGL 报错 libGL error: MESA-LOADER: failed to open ...
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实现多标签制作训练 (1)利用python生成hdf5文件在Caffe中,如果使用LMDB数据格式的话,默认是只支持“图像+整数单标签”这种形式的数据的。如果训练网络需要一些...,train.txt内容示例如下:2.利用LMDB结合HDF5实现多标签制作训练 正如上述提到的HDF5文件的缺点是占用空间较大。而caffe对于单个HDF5文件的大小是有限制的,虽...