在Hardy-Weinberg 定律中,P 值的计算通常采用卡方检验。具体步骤如下: (1)建立假设:H0(零假设):基因型频率符合 Hardy-Weinberg 定律;H1(备择假设):基因型频率不符合 Hardy-Weinberg 定律。 (2)根据样本数据计算卡方值:卡方值= ∑ [(观察值 - 期望值)^2 / 期望值]。 (3)查找卡方分布表,根据自由度和...
吻合度检验是运用X2检验来衡量基因型数目的观察值与该位点上全部基因型频率分布在符合Hardy-Weinberg平衡时的期望值之间的吻合程度。首先计算出比较每个基因型的观察值与期望值之间吻合程度的产值,再将所有基因型的X2值求和获得总的X2值,查表求得P值,一般以P>0.05...
应用Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验方法,把计算得到的基因频率代入,计算基因型平衡频率,再乘以总人数,求得预期值(e)。 把观察数(O)与预期值(e)作比较,进行χ2检验。病例组和对照组的基因型分布的观察值和预期值差异无显著性(P>0.05),符合遗传平衡定律. 那么哈温平衡和MAF过滤的区别是什么呢? 这两个概念,一...
尽管HWE-LOH P值是检测反复性杂合性缺失的一种敏感且特异性的测量方法,但它不仅受局部杂合性缺失率的影响,还受 SNP 的潜在等位基因频率的影响(补充材料,图 S1)。因此,P-值不是局部恒定的——也就是说,它们的值可能在两个基因组上连续的 SNP 之间突然变化,即使两个 SNP 的杂合性缺失率可能几乎相同。另一...
R语言-计算Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE)的P值 超级可爱的懂事长鸭关注IP属地: 江苏 0.1632021.08.18 12:04:48字数57阅读3,048 参考书Bioinformatics with R Cookbook 安装R包 rm(list = ls()) install.packages("GWASExactHW") library(GWASExactHW) 生成snp数据 pA <- runif(1) pAA <- pA^2 pAa...
例如，一个具体的检验中，计算得卡方值为1.4174，自由度为2，当P值大于0.05，表明数据符合Hardy-Weinberg定律，即群体处于遗传平衡状态。卡方检验是一种衡量观测值与预期值之间偏差的方法，适用于分类数据。它通过对每个单元格的观察频数和期望频数进行对比，计算出χ²统计量，如果数据量足够大且...
在卡方检验表中,自由度为1, P值为0.05时,对应的统计量为3.841。实际算出来的统计量小于3.841,说明理论基因型频率和实际基因型频率没有差异,种群符合哈迪-温伯格平衡。 满足哈迪-温伯格平衡的群体只是理论上的群体,在自然条件下是不存在的。但是在实际处理时,对于较大的群体,可以近似的认为其符合哈迪-温伯格平衡。
前期推送2等位基因实现视频:SPSSS如何实现哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)法则检验 界面及使用 打开该Excel工具,在黄色部分,录入您的数据即可,结果报告卡方值和P值,如果P>0.05,则说明符合Hardy weinberg平衡检验。
结论:当P>0.05时,说明群体基因遗传平衡,数据来自同一蒙德尔群体。 本Excel为哈迪-温伯格平衡遗传定律的小软件, 可算出样本的基因多态性是否符合HWE,以说明样本是否有代表性。 使用方法:打开后在红框的格子里输入杂合子基因型的频数, 本程序可算出相应的卡方值和P值相关...
结合本研究给出的数据计算得到的卡方值,按照自由度等于(3-1)X(2-1)=2,此时对应的P值为0.0005,则可以认为对照组的基因型分布不符合Hardy-Weinberg定律。 在二项分布的拟合优度检验中,本书在P185给出了一个例子,调查150户三口之家某病的发病率,在表中给出了每户发生疾病的人数,现在想通过拟合优度检验来判断...