在Hardy-Weinberg 定律中,P 值的计算通常采用卡方检验。具体步骤如下: (1)建立假设:H0(零假设):基因型频率符合 Hardy-Weinberg 定律;H1(备择假设):基因型频率不符合 Hardy-Weinberg 定律。 (2)根据样本数据计算卡方值:卡方值= ∑ [(观察值 - 期望值)^2 / 期望值]。 (3)查找卡方分布表,根据自由度和...
应用Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验方法,把计算得到的基因频率代入,计算基因型平衡频率,再乘以总人数,求得预期值(e)。 把观察数(O)与预期值(e)作比较,进行χ2检验。病例组和对照组的基因型分布的观察值和预期值差异无显著性(P>0.05),符合遗传平衡定律. 那么哈温平衡和MAF过滤的区别是什么呢? 这两个概念,一...
此外,该方法依赖于 Hardy-Weinberg 不平衡作为反复性杂合性缺失的信号,因此从理论上讲,种系中 HWE 外的 SNP 可能会产生假阳性信号——众所周知,种群分层导致杂合子减少比 HWE 下的预期。然而,尽管 TCGA 数据集中的大多数样本具有未指定的祖先,但人口分层似乎并未导致匹配的正常数据 中P值的大幅膨胀(图 2)。2...
myTest <- HWExact(genotypes) names(myTest) <- rownames(genotypes) plot(-log10(myTest), type="b", ylab="-log10(p-value)", main="HWE p-values for SNPS") abline(h=-log10(0.05), col="red") image.png 输出结果 sum(myTest<0.05) names(myTest)[which(myTest<0.05)] P(HWE)>0...
Total genotyping rateisexactly1.--hardy: Writing Hardy-Weinberg report (founders only) to hardy.hwe ... done. root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6#lshardy.hwe hardy.log hardy.nosexresult.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6#plink --file result --freq --outfreq ## 计算基因频...
df=观察到的基因型数-等位基因数基因型的期望值按照Hardy-Weinberg公式计算: 纯合子基因型数的期望值=(基因频率)2x样本含量 杂合子基因型数的期望值=2x(基因频率1)X(基因频率2)样本含量 吻合度检验法是一经典的方法,优点在于计算方法简便。P>0.05 说明所调查...
例如，一个具体的检验中，计算得卡方值为1.4174，自由度为2，当P值大于0.05，表明数据符合Hardy-Weinberg定律，即群体处于遗传平衡状态。卡方检验是一种衡量观测值与预期值之间偏差的方法，适用于分类数据。它通过对每个单元格的观察频数和期望频数进行对比，计算出χ²统计量，如果数据量足够大且...
前期推送2等位基因实现视频:SPSSS如何实现哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)法则检验 界面及使用 打开该Excel工具,在黄色部分,录入您的数据即可,结果报告卡方值和P值,如果P>0.05,则说明符合Hardy weinberg平衡检验。
Hardy–Weinberg equilibrium,叫做哈迪-温伯格平衡。该定律提出,对于一个足够大的群体,在群体中各个个体之间随机交配,在没有突变,个体迁移,遗传漂变等因素发生的情况下,这个种群的基因频率和基因型频率可以一代代稳定不变,保持平衡。 对于二倍体生物而言,等位基因A的频率用p表示,a的频率用q表示,在满足哈迪-温伯格平衡...
本书在P184给出了病例和对照的某基因型频率,其中对照组的基因型频率及等位基因频率在表中给出,本研究想要判断对照组的基因型分布是否符合Hardy-Weinberg定律,首先该研究可以根据实际数据的基因型频率计算出等位基因频率,然后再根据p2+q2=1,计算出理论基因型的频率,如果实际数与理论数一致,说明对照组的基因型频率分布...