meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 不同study结果...
在软件的安装目录,有一个名为example的文件夹,提供了两个示例,其中的metal.txt就是配置文件。 meta-analysis是对多个gwas分析结果进行综合评价,该软件支持以下两种meta分析的算法 pvalue standard error 第一种是基于p值;第二种是基于标准误,我们知道标准误指的是某个统计量的分...
meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 不同study结果...
在配置文件中共,我们需要指定每个study的GWAS结果中上述列对应的标题,以及文件分隔符等选项,这样才能保证软件正确的识别所需的信息,一个配置文件的示例如下 配置好之后,只需执行以下命令即可进行分析 metal metal.config.txt 输出结果示意如下 通过输出结果中的pvalue,来筛选显著关联的位点,通过gwas meta-analysis, 可以...
Meta分析软件 METAL (http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/metal/); - R、EasyQC和 METAL 模板可用于执行多个程序步骤,可从 http://www.genepi-regensburg.de/easyqc/ 获得 R语言实现:示例 参见 https://www.uni-regensburg.de/medizin/epidemiologie-praeventivmedizin/genetische-epidemiologie/software/index...
下面主要讲述如何进行GWAS分析和meta-analysis分析的详细步骤。主要分以下三部分展开:(1)GWAS软件的选择;(2)GWAS软件fastGWA的具体使用方法;(2)如何将多个GWAS的结果结合起来进行meta-analysis. 一、GWAS软件的选择 针对做GWAS分析的样本有一定的亲缘关系,则需要在进行GWAS分析时使用混合线性模型。下面调研了做GWAS分析使...
MAGMA是一个能够做gene analysis 和gene-set analysis的GWAS数据分析软件。该软件使用的数据可以是基因型文件数据(比如plink 的bfile),也可以是GWAS或meta-analysis结果中的P-vaule。 其中, 基因和基因集分析是同时分析多个遗传标记以确定其联合效应的统计方法。这种方法的优点,首先是其大大减少了计算量,其次是可能检测...
这个软件的英文介绍是MAGMA is a tool for gene analysis and generalized gene-set analysis of GWAS data. It can be used to analyses both raw genotype data as well as summary SNP p-values from a previous GWAS or meta-analysis.即此软件既可以分析基因水平又可以分析生物通路水平,既可以分析GWAS的...
这个软件的英文介绍是MAGMA is a tool for gene analysis and generalized gene-set analysis of GWAS data. It can be used to analyses both raw genotype data as well as summary SNP p-values from a previous GWAS or meta-analysis. 即此软件既可以分析基因水平又可以分析生物通路水平,既可以分析GWAS的...
通常来说,如果样本包括多个种族(例如,非洲人、亚洲人和欧洲人),建议分别对每个种族进行关联测试并使用适当的方法,例如meta分析(Willer等人,2010),来将结果结合起来。如果您的样本中包括来自单一族群的受试者,则可以通过以下讨论的方法来校正剩余的种群分层。