作者寻找GWAS命中的遗传相关性,并对MR蛋白质组学命中进行了两个样本MR,以评估与HF一级预防试验相关的安全性和有效性结果。18个GWAS不同变体中的7个和10个MR蛋白质组基因中的2个额外相关(p < 1. × 10−4),疗效结果(CAD、T2DM)与HF方向相同(补充数据18)。18个不同的GWAS变体或10个MR蛋白质组学
GWAS通过分析大量个体的基因型与特定性状的关联，以识别与疾病或其他性状相关的遗传变异。而eQTL研究则关注特定基因座在不同个体间表达水平的差异，揭示基因表达变异与遗传变异之间的联系。GWAS-eQTL集成共定位分析的目的在于整合这两种方法的结果，通过寻找同时在GWAS和eQTL分析中显示出显著关联的基因座，来识...
GWAS和eQTL的共定位原理 GWAS和eQTL共定位是一种将GWAS和eQTL数据进行整合分析的方法,旨在鉴定疾病相关的功能变异和调控基因。其基本原理是通过比较GWAS和eQTL信号的重叠程度,确定具有共定位信号的位点和基因。共定位分析可以帮助我们解释GWAS关联位点的功能作用,并提供更具体的疾病相关基因候选列表。 共定位分析的流程 共...
在高度置信度下,GSTM4蛋白水平和偏头痛风险之间的因果关系变异是共享的,共定位分析(PPH 4 = 0.86)表明连锁不平衡不是该基因观察到的MR结果的贡献因素(图8)。 SMR和HEIDI检验验证了GSTM 4 cis-pQTLGSTM 4顺式-pQTL也通过SMR检验(P< 0.05)和HEIDI检验(p> 0.05)(图9A,B)。综合以上证据,作者得出结论,GSTM...
读出后定位概率以进行共定位: H0:该区域的两个性状都没有遗传关联 H1 / H2:只有表型1或表型2在该区域具有遗传关联 H3:两个特征都相关,但因果变量不同 H4:两个特征都相关并且共享一个因果变量≥75%的后验概率被认为是eQTL-GWAS对影响特定区域的表达和GWAS性状的有力证据。
孟德尔随随机化共定位1-基本原理以及使用coloc包分析流程 6514 -- 18:49 App 34共定位分析,GWAS-eQTL和药物靶点共定位,基因和疾病共定位,孟德尔 5547 1 3:20 App 76. coloc共定位分析(更新) 1054 -- 5:18 App 13.共定位分析(locuscompare包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 1404 -- 4:03 App...
大家好, QTL与GWAS使用coloc的共定位问题,群里的同学一直问的很多,coloc本身并不复杂,最重要的函数是coloc.abf,只需要将数据整理成函数需要的数据即可。最后的数据格式到底是什么样子的,只能说是2个数据整理…
本文聚焦于使用eQTLGen的eQTL数据与FinnGen的GWAS数据进行coloc共定位分析的方法。coloc共定位分析原理相对直截了当，关键在于运用coloc.abf函数，数据整理成该函数所需的格式。整理数据成所需格式是整个流程中的核心步骤，包括整理成list形式，这是至关重要的一步。对于初学者来说，理解数据参数的计算和处理...
1.拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因2.使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因3.利用全基因组关联分析鉴定猪生长性状相关的遗传变异及候选基因4.甘薯苗期氮高效利用性状的GWAS分析及候选基因的筛选与验证5.基因组和DNA甲基化组联合分析筛选猪肉质性状关键基因 因...
MR蛋白质组学和共定位鉴定HF的10个基因 利用SOMAscan V4蛋白质组学的GWAS数据,作者选择了条件独立的顺式变体,定义为蛋白质编码基因+/-1Mb区域内的任何变体,与血浆SOMAscan蛋白水平相关(p < 5. × 10−8).作者提出这些变体是测量SOMAscan蛋白的工具变量,并使用MVP和HERMES联盟的欧洲血统GWAS HF荟萃分析...