Guideseq分析流程 Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法,基本原理是CRISPR系统剪切基因组后,在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA,即tag,插入到基因组中,通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库,之后进行二代测序,通过Guideseq的分析流程即可鉴定出脱靶位点。 具体细节可以看他们的...
GUIDE-Seq高通量测序技术能够很好克服以上问题,它极大提升检测通量,节省实验时间,同时在低转染效率的情况下保持高灵敏度的低频突变检测效率,提高检测准确性。 其原理是,利用一种短双链寡核苷酸标签来标记CRISPR-Cas诱导的断裂(在靶和脱靶),然后对标签所在的基因区域进行高通量测序,最后利用生物信息学分析确定脱靶突变的...
实验示例：GUIDE-Pro VS. GUIDE-seq 我们通过检测相同位点在相同数据量条件下的脱靶，结果显示：升级版...
GUIDE-seq是一种通过高通量实验手段在全基因组范围鉴定脱靶效应的方法,而且它相当灵敏。 评估脱靶效应的利器——GUIDE-seq GUIDE-Seq高通量测序技术能够很好克服以上问题,它极大提升检测通量,节省实验时间,同时在低转染效率的情况下保持高灵敏度的低频突变检测效率,提高检测准确性。 其原理是,利用一种短双链寡核苷酸...
在目前主流的脱靶效应评估方法中,有一种方法为GUIDE-seq,其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸(dsODN)标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂,然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序,通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应,从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路;与其他...
核酸酶诱导DSB后修复产物的检测技术中,GUIDE seq技术被众多实验室用于鉴定潜在脱靶位点。GUIDE seq通过向细胞中引入短(34个碱基对)双链寡核苷酸 (dsODN) ,当核酸酶切割发生时可以插入DSB点,通过检测dsODN插入事件判断脱靶活性。GUIDE seq的一个主要缺点是需要将dsODN导入细胞中,且不是所有类型的细胞(尤其是原代细胞...
摘要 一种生物素化的dsODN及其构建GUIDE‑pro库的方法,它涉及基因工程领域,本发明的目的是为了提高GUIDE‑seq检测CRISPR脱靶效应的敏感性和特异性,本发明基于链霉亲和素‑生物素系统,开发出GUIDE‑pro,并提供一种准确的可批量进行体内脱靶检测及sgRNA筛选的方法,即一种生物素化的dsODN及其构建GUIDE‑pro库的...
一种生物素化的dsODN及其构建GUIDE‑pro库的方法,它涉及基因工程领域,本发明的目的是为了提高GUIDE‑seq检测CRISPR脱靶效应的敏感性和特异性,本发明基于链霉亲和素‑生物素系统,开发出GUIDE‑pro,并提供一种准确的可批量进行体内脱靶检测及sgRNA筛选的方法,即一种生物素化的dsODN及其构建GUIDE‑pro库的方法。
针对前期实验已经获得的有切割能力的sgRNA,需要进一步明确其体内脱靶效应; 基因编辑治疗过程中治疗效果及脱靶效应的检测。 实验示例:GUIDE-Pro VS. GUIDE-seq 我们通过检测相同位点在相同数据量条件下的脱靶,结果显示:升级版GUIDE-seq的在靶reads数更高(≥1倍),脱靶reads数也提高了≥4倍。更为重要的是,GUIDE-Pro可...
GUIDE-Seq通过CRISPR-Cas核酸酶实现脱靶切割的全基因组分析 CRISPR RNA引导的核酸酶(RGN,RNA-guided nucleases)是广泛使用的基因组编辑试剂,但缺乏描述其全基因组脱靶切割活性的方法。在这里,我们描述了一种整体检测由RGN和潜在的其他核酸酶引入的DNA双链断裂(DSB,double-stranded breaks )的方法。这种方法称为全基因...