GTRD预测转录因子靶基因 来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD(Gene Transcription Regulation Database),为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源,并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。网址:GTRD 以TP53为例: 1.打开GTRD主页,点击“start” 2.找到“Genes regulated by the specified transcription...
探索資料庫應用(五)Gene Transcription Regulation Database(GTRD):轉錄因子調控資料庫 在今年2017的NAR資料庫特輯中,GTRD資料庫整理人類和老鼠ChiP-seq資料並且彙整相關轉錄因子調控,使用四種負責處理ChiP-seq的peak caller程式,分別是MACS, SISSRs, GEM, PICS,並且將這些程式分析出的peak做clustering後,去掉重複的...
GTRD:基因转录调节数据库-2019年更新 2018 年 11 月 16 日,俄罗斯的研究者 Yevshin 等在 Nucleic Acids Research 杂志上发表了一篇题为“GTRD: a database on gene transcription regulation—2019 update”的论文。 通过人类(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、大鼠(Rattus norvegicus)、斑马鱼(Danio rerio)、秀...
GTRD––GeneTranscriptionRegulationDatabase (http://gtrd.biouml)––isadatabaseoftranscrip- tionfactorbindingsites(TFBSs)identifiedbyChIP- seqexperimentsforhumanandmouse.RawChIP- seqdatawereobtainedfromENCODEandSRAand uniformlyprocessed:(i)readswerealignedusing Bowtie2;(ii)ChIP-seqpeakswerecalledusing...
研究转录因子,最经典的数据库就是TRANFAC数据库,网址如下 http://gene-regulation.com/ 该数据库中不仅收录了转录因子和对应的家族信息,也收录了转录因子调控的基因以及转录因子结合位点TFBS等信息。该数据库有以下两个版本 Profes... 问答精选 jquery, ajax: several post-requests instead of one...