GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
GTRD数据库提供了丰富的数据可视化工具,如基因组浏览器、热图和网络图等。这些工具使得研究人员能够直观地探索和分析数据,从而更容易发现潜在的生物学规律。 GTRD数据库的应用 1. 基础研究 在基础生物学研究中,GTRD数据库为研究人员提供了一个强大的工具,用于探索基因表达的调控机制。例如,通过分析转录因子结合位点,研究...
GTRD——基因转录调控数据库,是由人类和小鼠的ChIP-seq实验识别的转录因子结合位点(TFBS)的数据库。原始ChIP-seq的数据从ENCODE和SRA获得并进行统一处理:(i)使用Bowtie2比对; (ii)使用峰值探测软件MACS,SI***,GEM和PICS得到ChIP-seq峰值; (iii)相同的因子和软件,但不同的实验条件(细胞系,治疗等)得到的峰值被...
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GTRD:基因转录调节数据库-2019年更新 2018 年 11 月 16 日,俄罗斯的研究者 Yevshin 等在 Nucleic Acids Research 杂志上发表了一篇题为“GTRD: a database on gene transcription regulation—2019 update”的论文。 通过人类(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、大鼠(Rattus norvegicus)、斑马鱼(Danio rerio)、...
ChIP-seq data or GTRD have been collected systemati- cally romthe ollowing well-known public repositories: Se- quence Read Archive (SRA; http://.ncbi.nlm.nih.gov/ sra) (9), ENCODE (https://.encodeproject) (5), Gene Expression Omnibus (GEO; https://.ncbi.nlm. nih.gov/geo/) (10...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd./ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行peak calling...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads... 查看原文 unibind:human转录因子结合位点数据库...
http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行peak calling, 得到转录因子的peak区域。 对于同一个转录因子,同一种peak caling软件得到的peak区域,如果两个peak区间的中心距离小于50bp的话,就合并为一个区间,此采...
GtRNAdb利用特定算法,对tRNAscan-SE直接预测的结果进行了一个过滤,降低了假阳性率。 对于数据库中已知的物种,建议直接利用数据库中的序列就好;对于数据库中没有的物种,再直接用tRNAscan-SE 进行预测。 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!