python gtftools.py -b intergenic_regions.bed demo.gtf 12)提取UTR信息 python gtftools.py -u utr.bed demo.gtf 更多功能,请下载使用 三、GTF小技巧 1)GTF注释是不断更新的,例如ensembl human的目前最新是v107,因此做分析时,一定要明确GTF版本号和基因组版本号,并且两者要匹配 2)GTF要与基因组对应。使用...
python gtftools.py -b intergenic_regions.bed demo.gtf 12)提取UTR信息 python gtftools.py -u utr.bed demo.gtf 更多功能,请下载使用 三、GTF小技巧 1)GTF注释是不断更新的,例如ensembl human的目前最新是v107,因此做分析时,一定要明确GTF版本号和基因组版本号,并且两者要匹配 2)GTF要与基因组对应。使用...
genomeGTFtools Overview These are some scripts to convert various features and annotations into a GFF-like file for use in genome browsers. There are also general purpose tools for genome annotation. GFF (generic feature format) is atab-delimited pseudoformatfor annotating genomes, consisting of 8...
M. Ondera. GTF Tools: A computer algebra package for generalized transfer functions. In Proc. of the 15th Mediterranean Conference on Control and Automation, Athens, Greece, 2007.
http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq。 1 cat gffcmp.combined.gtf | grep-v exon | cut-f1,4,5,9| cut-f1-d";"| awk'{print $1, $2, $3, $5}'| sed-e's/ /\t/g'| sed-e's/\"//g'> gffcmp.combi...
gfftools filter --region chr2:1000000 --region chr3:1000-2000 Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf>chr2_chr3_features.gtf Evaluate python condition expression The filter will execute a user-specified python conditional expression for each feature, and the feature will be preserved if the expression is tru...
输出SNP信息: GTFtools可以处理SNP信息,输出位于基因组特定区域(如基因附近)的SNPs。 主要功能及示例: 1. 计算merged外显子 该功能可以合并同一个基因的所有splice isoforms的外显子,并生成bed格式文件,可以用来计算具有多个isoforms的基因的非重叠外显子长度。
二、GTF解析工具GTFtools 虽然规定了GTF的格式,然而,实际使用中,由于不同软件,不同研究所产生的GTF格式略有差异,因此这给我们数据分析带来了极大的挑战,具不完全统计,GTF解析工具包括:GTFtools,GTFutil,gffread,TBtools,GFFtools-GX,gtfparse,pyGTF等等。
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