parser.add_argument("-i", "--gtf_file", required=True, help="Input GTF file") parser.add_argument("-o", "--output_file", required=True, help="Output file") parser.add_argument("--remove_version", action="store_true", help="Remove version numbers from gene and transcript IDs [def...
初始化步骤:从参数中获取gtf文件或句柄,并初始化一个gtf_parser对象; 基因/转录本/基本结构读取步骤:针对基因/转录本/基本结构采用不同的读取方法,如果是基因,则按行读取一个基因的所有行,若当前读取行与当前解析的基因的“gene_id”不同时,则回退一行;如果是转录本,则按行读取一个转录本的所有行,当当前读取行...
带有sp前缀的 AGAT 工具的第一步是修复文件以使其标准化 (例如,只包含外显子的文件将被修改以创建 mRNA 和基因特征)。为了执行这项任务,AGAT 将解析整个数据并将其放入特定的数据结构中,AGAT parser 预计执行以下操作: 创建缺失的父特征(例如,如果第2级或第3级特征没有父特征,我们就创建缺少的第2级和/或第1...
AGAT (Another GTF/GFF Analysis Toolkit) 是一个 GFF/GTF 工具包,几乎能实现所有你可能想要对这两种格式文件进行的操作。
python parser of Fastx, GTF, NCBI GFF files, and extract targeted seq from genome - chengcz/pyGTF
It has a memory cost but make life smoother. Indeed, it allows to perform complicated tasks in a more time efficient way. Moreover, it allows to fix all potential errors in the limit of the possibilities given by the format itself. See the AGAT parser section for more information about ...
optpar=OptionParser(usage=ms_usage,description=descr) optpar.add_option('-g','--gtf.file',dest='gtf_file', help='input the anotition-file(filename.gtf).') optpar.add_option('-i','--gene-id.file',dest='Gene_id', help='input the gene-id file contain the gene id which you ...
python TransFromGTF.py -input CAP-vs-CA.genes.filter.annot.xls -source gene_id -to gene_name -idname id -outname list.out --header###parser=argparse.ArgumentParser(description='Transform ID from GTF file! This is a type GTF annot: gene_id "ENSG00000187634"; transcript_id "ENST0000034206...
join(cmd),shell=True) def final_run(): parser = argparse.ArgumentParser( formatter_class = argparse.RawDescriptionHelpFormatter, description = "split gtf", epilog = ''' @author: MingYan @contact: mingyan24@126.com ''' ) parser.add_argument("-g","--gtf",required=True,help="specify ...
Bison : A general-purpose parser generator û收藏 转发 评论 ñ1 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 正在加载,请稍候...3 公司 腾讯 Ü 简介: 腾讯微信客户端开发工程师 更多a 微关系 他的关注(74) Internet-Explorer 独立开花卓富贵 刘光政Ac-Nox ...