括号中表示通过NCBI分类为除拟杆菌纲以外的门的基因组。 软件和数据库安装 Github: https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因...
GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
GTDB主要以细菌中普遍存在的120个单拷贝蛋白质(bac120)和古菌中53个(arc53,从R07-RS207开始)标记蛋白为基础,在对多分组类别消歧后,根据相对演化散度标准化和分级,得到基因组分类结果。 GTDB定期更新,与其他生物信息数据库整合,为基因组学研究和微生物生态学等领域的研究提供了全面且可靠的分类信息。GTDB数据库已经...
GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基因组物种注释。 本次测试版本为 GTDB-Tk v1.3.0,于2020年7月17...