GTDB数据库:release214版本77G,95版本32G wget https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/release214/214.1/auxillary_files/gtdbtk_r214_data.tar.gz #或者自动下载 download-db.sh 2.使用测试 2.1 check_install 检查数据库,默认安装在share/gtdbtk-1.0.2/db下,可以直接加到环境变量种 export...
GTDB(Genome Taxonomy Database)数据库是一个基于基因组的微生物分类数据库,包括了细菌和古菌的数据。相比传统的 16S rRNA 基因分类方法,GTDB 使用全基因组序列来构建分类树,能够提供更准确、更细致、更全面的分类信息。接下来我们一起了解一下这个数据库吧。 01 GTDB 的基因组是哪里来的? GTDB 又称作基因组分类...
GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基因组物种注释。 本次测试版本为 GTDB-Tk v1.3.0,于2020年7月17...
再来说说GTDB数据库。GTDB的分类系统相对来说更注重于微生物的多样性。它的分类层次可能没有NCBI那么详细,但它在微生物的分类上更加深入。比如,GTDB可能会细分到更具体的类群,比如Pseudomonas_E,这个类群在GTDB中可能被进一步细分。至于Pseudomonas和Pseudomonas_E的区别,简单来说,Pseudomonas是一个更广泛的分类,而Pseudomo...
GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
gtdb GoogleTranslate_IPFinder的官方 IP 库及更新脚本。 2024/10/18:更新超级 IP 库,从GotoX IP分离出了 IPv4 和 IPv6。当默认 IP 库全部无效时,建议尝试此 IP 库(IPv4 优先)。 项目结构 │ .gitignore Git ignore 源文件 │ LICENSE GPL-3.0 版权许可 │ README.md 本文件 │├─ full 超级 IP 库...
点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击...
GTDB数据库 可以看到上面的官网主页,目前最新版的GTDB数据库包含了584,382个细菌基因组和12,477个古菌基因组(2024.04.24,Release 09-RS220),在属、种分辨率水平上描述了190多个门。 Browsers GTDB支持以Alphabetical table和Tree两种形式来探索或查询整个GTDB数据库,包括分类信息和基因组信息。
点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击跳转 使用gtdbtk最重要的还是数据库和工具匹配,这里1.3版本的工具匹配95...
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