一:差异基因通路GO富集(包括BP/CC/MF) library(org.Hs.eg.db) ##人Hs,鼠Mm library(clusterProfiler) erich.go.BP = enrichGO(gene =degs.list,OrgDb = org.Hs.eg.db,keyType = "SYMBOL",ont = "BP",pvalueCutoff = 0.5,qvalueCutoff = 0.5) ##查看result(富集通路结果) dotplot(erich.go.BP,s...
怎么理解GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之间的区别? 有些时候代码不能理解,统计学方法高深莫测,那就直接copy一个现成的数据和代码,自己跑一遍就能理出一个大概的思路 从输入的表达矩阵入手 GSEA的输入矩阵:差异表达分析后得到的矩阵! 一列基因名/ENTREZ + logFC值(记得按照logFC值从大到小排列,具体为什么...
GO中的功能数据集分为3个sub-classes: Biological Process (BP), Molecular Function (MF) 和 Cellular Component (CC),分别含有生物学功能活动、分子功能和细胞组分定位的基因集合(GO terms)。KEGG包含的基因集合均为在某特定生物学功能过程中发挥作用的分子信号通路(KEGG pathways)。 (1)需要R包。 DESeq2 (获...
GOKEGGGSEAGSVA是一种对单细胞转录组数据进行功能注释的方法。Gene Ontology(GO)是一种对基因和蛋白质功能进行分类和注释的体系。KEGG是一个整合了生命科学领域中各种高通量分析数据的数据库,注释了基因和蛋白质在代谢通路和细胞过程中的功能。Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)是一种用于鉴定基因集是否在给定表达数据...
GO和Kegg数据库中的基因集可以提供对这些功能和过程的注释。例如,可以找到在特定细胞类型中高度表达的GO功能项或Kegg代谢途径,并进一步研究它们在细胞的生物学功能中的作用。 最后,可以使用GOKEGGGSEAGSVA分析来比较不同细胞类型之间的功能或过程差异。这可以通过对比各个细胞类型中的显著富集基因集来实现。这种分析可以...
KEGG富集分析、GO富集分析、GSEA富集分析、GSVA富集分析的R语言实现 1.2万播放 信号通路(AMPK、MAPK、NF-κB、PI3K-AKT、mTOR、TGF-β、Notch、Hippo、JAK-STAT、Hedgehog、Wnt、RTK) 10.5万播放 qPCR操作演示 3122播放 qPCR实验流程 3.9万播放 【生化实验】| PCR的原理与操作 5.5万播放 【干货】Western Blot/磷酸...
nGSVA是基因集富集分析的扩展,不需要预先进行样本之间的差异分析,它依据表达矩阵就可以计算每个样本中特定基因集(比如某个通路)的变异分数。 p两者异同 n相同点:1、基因层面到基因集层面的分析 2、输入文件:基因表达矩阵+基因集 3、都可以通过R语言来实现 ...
单细胞各个亚群特异性高表达基因的数据库注释(包括GO,KEGG,ReactomePA) (qq.com) ClusterProfiler包进行KEGG富集报错 1.GO,KEGG,ReactomePA富集分析 根据生信技能树的教程 (1). 先加载Seurat对象后进行取基因平均表达量 以Fibroblast 这个Seurat对象为例 av <- AverageExpression(Fibroblast , ...
与传统的Over Representation Analysis: the up- or down-regulated DEGs和Gene Set Enrichment Analysis: All the ranked genes相比,Gene Set Variation Analysis分析直接使用gene expression或RNA-seq profile matrix计算基因在通路中的得分,并且这种计算可以基于单样本处理。 GSVA方法图解 输入表达谱数据和基因集数据。计...