GSVA(Gene Set Variation Analysis):也是一种基于基因表达数据的功能富集分析方法,类似于GSEA。GSVA将基因表达数据映射到预定义的基因集合上,计算每个样本在每个基因集上的富集得分,与GSEA不同的是,它不需要将样本预先分组和做差异分析。 富集分析 详解KEGG富集分析原理以及R语言实现和绘图详解GO富集分析原理以及R语言实...
GSVA 是基因集富集分析的扩展,不需要预先进行样本之间的差异分析,它依据表达矩阵就可以计算每个样本中特定基因集(比如某个通路)的变异分数。 说白了,GSVA 可以通过基因在样品的表达矩阵转换为通路为单位的基因集在样品的表达矩阵,可以轻易描绘出某个通路在不同样品间的变异或者富集情况。 关于R 包 GSVA GSVA包,通过...
执行GSVA分析:使用GSVA包对单细胞数据执行基因集变异分析(GSVA),根据KEGG通路的基因列表评估每个单细胞样本的通路活性。 可视化GSVA结果:最后,基于GSVA分析结果,绘制热图或其他类型的图表来展示不同单细胞样本中通路活性的变化。 今天我们主要关注第一步,如何获取KEGG通路的基因列表? 问题来源 不管是转录组数据还是单细胞...
4.1 首先取单细胞的表达量数据集 一定要是matrix格式的! gene.expr <- as.matrix(sce_cnv[["RNA"]]@data) 进行分析 gsva.result<-GSVA::gsva(gene.expr,genelist_2,kcdf='Gaussian') 首先转换为数据框格式,之后保存结果 gsva.result_df<-as.data.frame(gsva.result)save(gsva.result_df,file="./gsva...
以通路差异表达分析为例，我们可以使用GSVA评估不同样本中特定通路的变异情况。在示例数据中，我们可以计算GSVA富集分数，并使用limma进行差异表达分析，找出在两种不同类型的白血病亚型之间有显著差异的通路。通过GSVA，我们能够以通路为中心对基因表达数据进行深入分析，从而揭示生物系统中不同通路的动态变化和...
GOKEGGGSEAGSVA是一种对单细胞转录组数据进行功能注释的方法。Gene Ontology(GO)是一种对基因和蛋白质功能进行分类和注释的体系。KEGG是一个整合了生命科学领域中各种高通量分析数据的数据库,注释了基因和蛋白质在代谢通路和细胞过程中的功能。Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)是一种用于鉴定基因集是否在给定表达数据...
单细胞各个亚群基因按照平均表达量排序后gsea分析 (qq.com) 单细胞各个亚群特异性高表达基因的数据库注释(包括GO,KEGG,ReactomePA) (qq.com) ClusterProfiler包进行KEGG富集报错 1.GO,KEGG,ReactomePA富集分析 根据生信技能树的教程 (1). 先加载Seurat对象后进行取基因平均表达量 ...
具体来说，我们将分别详细解读KEGG富集分析的原理，并展示R语言的实现与可视化方式；接着，我们会深入探讨GO富集分析的机制，以及如何用R语言进行操作和图表绘制；随后，我们将解析GSEA富集分析的理论基础，分享R语言的实现步骤；最后，我们会介绍GSVA富集分析的核心概念，展示R语言的使用方法。此外，我们还会...
TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析:从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA(含基因ID转换)新用户3677sdB0 2021-07-16 TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路。面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的。所以我们需要借助基因...
KEGG富集分析、GO富集分析、GSEA富集分析、GSVA富集分析的R语言实现 1.2万播放 信号通路(AMPK、MAPK、NF-κB、PI3K-AKT、mTOR、TGF-β、Notch、Hippo、JAK-STAT、Hedgehog、Wnt、RTK) 10.5万播放 qPCR操作演示 3122播放 qPCR实验流程 3.9万播放 【生化实验】| PCR的原理与操作 5.5万播放 【干货】Western Blot/磷酸...