GSEA与KEGG和GO的区别在于:KEGG用于通路富集分析,揭示基因在哪些通路中发挥作用;GO用于功能富集分析,揭示差异表达基因与哪些生
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)则是研究Pathway的数据库,整合了基因组、化学和系统功能信息,可以了解基因在哪些通路中发挥作用。 而GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种独特的基因集富集分析方法,能更准确地比较实验组和对照组之间同一通路的基因上调下调差异,且不需要划定阈值,这使得GSEA在分析基...
说白了,GSEA的输入变量是基因表达量,KEGG pathway富集分析的输入变量是基因列表;二者都能筛选出显著富集的通路,区别是GSEA针对所有基因,KEGG针对差异基因富集的通路,现在一般结合两者的结果来做推断。 以上是我的个人理解,也没有详细查资料,如需详细了解,还请入木三分~~O(∩_∩)O©...
KEGG是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面,也可以说是在哪些通路上的富集。类似的通路数据库有wikipathway,reactome等。 GSEA:基因集富集分析,用于确定先验基因集是否在两种生物状态(例如表型)之间差异显著。 区别: GO/KEGG差异基因的一刀切法——仅关注少数几个显著上调或下调的基因,容易遗漏...
GO、KEGG和GSEA在基因富集分析中各有侧重。GO更注重单个基因的功能描述，KEGG强调基因在通路和功能集中的集中分布，而GSEA则侧重于识别特定基因集在不同生物状态下的差异表达。它们之间的主要区别在于分析策略和关注点，GO和KEGG侧重于单个基因或基因集的富集，而GSEA则关注于特定基因集在不同条件下的差异...