GSVA的输入矩阵:列是样本、行是基因、单元格内是表达量【没有差异分析!】 ssGSEA 它名字长得像GSEA,其实是GSVA的好兄弟,因为(single sample GSEA)人如其名,都单样本了还怎么做差异分析呢?没有差异分析怎么做GSEA呢? 所以ssGSEA就是单样本的GSVA GO/KEGG的输入矩阵:它们连read counts都不要!只用提供基因名!
GSVA（基因集表达解码）与GSEA类似，但重点在于非参数估计，使用了非参数分布来估计基因集在样本集中的表达趋势，而不依赖于单个样本的精确表达值。这种方法可以避免传统富集分析方法中的数据分布假设，更加灵活地处理大规模基因集。ssGSEA（标准化基因集富集分析）是对GSEA的改进，引入了标准化过程来调整基因...