GseekEgg函数的目的就是解决这个问题,它可以将不同基因名称映射到符合标准的基因符号,这样就可以很容易地对基因进行比较或分析了。 首先,为了使用GseekEgg函数,您需要在R语言中安装并加载需要的包。要安装和加载这个包,您可以使用以下命令: ``` install.packages("gsekegg") library(gsekegg) ``` 安装和加载完成...
GSEKEGG是一个R语言中非常有用的包,用于在基因表达数据中进行KEGG通路富集分析。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个数据库,提供了基因和蛋白质的功能注释以及通路信息。 GSEKEGG包提供了一个简单且高效的方式来分析基因表达数据中的KEGG富集,帮助研究人员理解不同基因集之间的生物学意义。它提供了一...
gsekegg函数将返回一个数据框,其中包含基因集合中的基因在KEGG通路中的富集结果。数据框包含以下列: - Pathway:KEGG通路的名称。 - Count:基因集合中在该通路中的基因数。 - Expected:在该通路中预期的基因数。 - Pvalue:富集分析的p值。 - FDR:校正后的p值。 我们可以使用以下命令查看结果: ``` print(resu...
gseKEGG: 目标: KEGG 基因集富集分析 (GSEA)。 输入: 排序的基因列表,通常基于基因表达变化的大小排序。 方法: 采用基因集富集分析(GSEA),评估在整个基因排序列表中,某个 KEGG 通路是否显著富集。 示例代码: library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)# 人类基因注释数据库gene_list<-sort(c("gene1"=1.5...
Hello, I am encountering an issue while using the gseKEGG function from the clusterProfiler package for GSEA enrichment analysis. I have provided a gene list containing just over 3000 genes, but the function has been running for two hour...
在分析GSE122709时候,取D1组、D2组分别与NC组进行基因差异与富集的分析时候,遇到一个问题就是D2/NC比较,进行KEGG分析时候什么结果都没有。查找原因时候遇到了一些问题,这里做简单的记录。 1 D1 Vs NC 差异基因 富集分析 2 D2 Vs NC 差异基因 富集分析 ...
I tried but it didn't work, so therefore I explicitly would like to ask: is it possible to use compareCluster with gseKEGG (or the generic GSEA function), analogous to the generic enricher function(s) (#326)? If not, may I kindly put this forward as a feature request? One reason ...
首先,作者从GEO数据库下载GSE113212数据集(4个non-LFH样本和4个LFH样本),然后进行差异表达分析(共得到1505个DEGs),接着从Human Autophagy Moderator数据库中下载了796个自噬基因,取交集后得到70个ARGs。 2 ARGs富集分析 作者基于得到的70个ARGs,进行富集分析(包括GO和KEGG、GSEA、GSVA) ...
scRNA数据分析教程模块:KEGG富集分析文献:Lee S, Devanney NA, Golden LR, et al. APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge. Cell Rep. 2023 Mar 28;42(3):112196. 数据:GSE212317 工具:R4.2.2&RStudio 展开更多 ...
【题目】从迷宫中找出你认识的单词,并写在横线上(至少10nW!nd!bedkakegggSe!dukkrtaef!athaeredant 相关知识点: 试题来源: 解析 【解析】1. window 2. wall 3. door 4.bed 5. cake6. egg 7.red 8.dog 9.desk 10. goose答案不唯一 反馈 收藏 ...