gromacs-2023支持cuda-12.1以及向下兼容,不建议cuda-11.6以下,官网明确说明了cuda-11.6.2以下会有bug,cuda-toolkit是免费的,自行下载安装cuda-toolkit就好了,如果是root用户,会默认安装在/usr/local/,普通用户可以根据提示设置安装路径,安装完成后记得修改.bashrc: cdvim .bashrcexportPATH=$cudaDir/bin:$PATHexportLD...
5、安装Gromacs 官网下载 下载安称耍装包: https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.3.tar.gz (用辞泥系统自带的下载工具下载) (如下图)$tar xfz gromacs-2019.6.tar.gz (解压安装包)$cdgromacs-2019.6 (进入目录)$mkdirbuild (新建文件夹build) (如下图)$cdbuild (进入目录)$cmake .. -DGMX_B...
在http://www.fftw.org下载最新fftw安装包。 解压,进入目录后运行: ./configure --prefix=/yourpath/fftw --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared 该软件即被安装在了/yourpath/fftw目录。如果CPU相对较新,支持AVX2指令集,可再加上--enable-avx2选项以获得更好性能。 4.安装GROMACS-20...
在Ubuntu 22.04系统上安装GROMACS 2023,可以按照以下步骤进行。这些步骤涵盖了检查系统更新、安装依赖包、下载和安装GROMACS 2023的全过程。 1. 检查Ubuntu 22.04系统的更新情况并升级系统 首先,确保你的Ubuntu 22.04系统是最新的。打开终端,输入以下命令来更新软件包列表并升级系统: bash sudo apt update sudo apt upgra...
只选择安装CUDA分类里的Developent、Runtime和Visual Studio Integration就行。然后在安装好fftw之后,使用下面命令安装gromacs的GPU版本。使用Developer PowerShell for VS 2022窗口进入解压目录后,运行: mkdir buildcd buildcmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX= D:\install\gmx-2023-GPU -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -D...
在2023年,gromacs推出了2023版本,其相较于以前的版本有了较大的更新,以及修复了很多bug。主要亮点如下: 1. 全局通信频率不再依赖于nstlist,因此GPU加速提升 2. PME分解已经可以支持到CUDA后端,即可以设置-npme和环境变量GMX GPU_PME DECOMPOSITION,实验性质谨慎使用 ...