没有深究,因为该网友基本用不到双精度计算。 WSL下无法绑定CPU物理核心,因此只设置了OMP_NUM_THREADS=2,在Windows物理机上通过任务管理器将WSL进程分配到第二个CCD,因为第二个CCD一般比较空闲。 调优后MD模拟运行速度相较于之前快了1倍,是上节所述6800XT PC的~50%。测试基于该网友提供的输入文件。 4 AdaptiveC...
export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=truentomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK"export OMP_NUM_THREADS=$ntompecho 4 | gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge allgmx editconf -f protein_processed.gro -o pro_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubicgmx solvate -c...
export OMP_NUM_THREADS=[每个进程的CPU线程数] export GOMP_CPU_AFFINITY=[CPU核心ID范围] 对于该网友的PC,以上环境变量的最佳值分别为'6'、'0-5'。若要在单块GPU上运行2个任务,则为第二个任务设置GOMP_CPU_AFFINITY=6-11。若要在单块GPU上运行4个任务,则设置OMP_NUM_THREADS=3,并为4个任务分别设置GOMP...
export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true ntomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK" export OMP_NUM_THREADS=$ntomp echo 4 | gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all gmx editconf -f protein_processed.gro -o pro_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic gmx sol...
WSL下无法绑定CPU物理核心，因此只设置了OMP_NUM_THREADS=2，在Windows物理机上通过任务管理器将WSL进程...
并行性能调优时，添加了OpenMP环境变量，对于该网友的PC，推荐的值分别为'6'、'0-5'。根据任务需求，为单块GPU上的任务设置不同的CPU核心绑定，如在运行2个任务时设置GOMP_CPU_AFFINITY=6-11，运行4个任务时分别设置OMP_NUM_THREADS=3，并为每个任务分配不同的核心范围。在使用LAMMPS于NVIDIA GPU下...
mdrun 命令是export OMP_NUM_THREADS=110 mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md3 -cpi mdv...
-x OMP_NUM_THREADS=1 \ --mca opal_warn_on_missing_libcuda 0 \ --mca orte_base_help_aggregate 0 \ -n 1 ${PROGRAM[@]} --junitxml=$PLUGIN_MPI_TEST_XML : \ 1 change: 1 addition & 0 deletions 1 admin/ci-scripts/build-and-test-sample_restraint-2020.sh Original file line number...
我不得不专门取消设置一些环境变量，因为snakemake为每个示例化的shell设置了它们。特别是OMP_NUM_THREADS...
6. 编译完成后输入：unset OMP_NUM_THREADS make check -j N make install 7. 安装完成后配置环境...