关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例…
conda create -n gmx_mmpbsa python=3.9 -y -q 并激活环境: conda activate gmx_mmpbsa 然后执行以下命令安装gmx_MMPBSA的最新版本: conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能...
三.MMPBSA(使用的是李继存老师的脚本,参考链接:科学网—gmx_mmpbsa使用说明 - 李继存的博文 (sciencenet.cn)) (1)安装ABPS(我用的是apbs3.0。Windows链接https://github.com/Electrostatics/apbs/releases/download/v3.0.0/APBS-3.0.0_Windows.zip).其他版本下载链接Releases · Electrostatics/apbs (github.com)...
当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算能够帮助研究人员更深层次的理解相关科学问题。经过多年的发展,MMPBSA方法目前被广泛...
经过多年的实践与优化，MM-PBSA方法被广泛应用于计算结合能，展现出较高的准确性。计算过程首先需生成用于计算能量的轨迹，该轨迹应仅包含计算所需的项，同时需在index文件中明确指定受体（rec）与配体（lig）的名称。接着，根据先前的定义，调整计算脚本中的文件和结构名称，并根据文件内容修改相应的软件...
关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体 当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算能够帮助研究人员更深层次的理解相关...
mmpbsa介绍 从分子动力学模拟过程中的得到的配体与受体蛋白相对结合自由能通常比分子对接得分具有更高的实验结果相关性以及筛选能力。g_mmpbsa工具运用MM-PBSA方法计算得到配体与受体之间的相对结合自由能G.G=EMM+Gsolv , EMM=Gele+Gvdw , Gsolv=Gpolar+Gnon-polar . ...
在PowerShell中输入gmx，成功后会显示相关信息。步骤二：小分子文件准备（Sobtop软件）访问Sobtop官网获取使用说明：Sobtop (sobereva.com)。下载解压后，双击sobtop.ex运行，按照提示操作。步骤三：MMPBSA计算（使用apbs脚本）安装APBS 3.0（Windows版本），链接：github.com/Electrostati...配置环境变量，...
gmx_MMPBSA它计算的时候，会调用index.ndx文件，例如计算结合能的时候，你选择蛋白质和配体的index，它...
3.6 MM/PBSA 安装与使用 3.7 MtD 3.8.进阶教程:使用gromacs计算配体与受体的结合自由能 设置: 模拟 分析 备注: 参考链接: Part1前言 本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例,教程不会过多讲解各种计算自由能方法...