但是前提是同一条链,因此需要在gmx pdb2gmx 命令时候加上 --ss //对话的形式确认每一个二硫键 -merge all //合并成为一条链 pymol发现二硫键已经加上去了,没有出现多余的氢原子。 接着重新走加盒子、加水、加离子。NVT,NPT,一切照常。 一个沉睡的研究,终于找对方向,就这样重启了。 ~~~ 分子动力学讨论...
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: Select the Force Field:From '/public/software/.local/easybuild/software/GROMACS/2021-gromacs-cpu-new/share/gromacs/top': 1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et al.,...
1 乙二酸有4个氢键受体，因为有四个O 2、3 注意gmx hbond有个-merge选项，默认会把水的两个O-H...
ws.merge_cells('A1:E1') ws.merge_cells('F1:K1') ws.merge_cells('L1:Q1') ws.merge_cells('R1:W1') ws.merge_cells('X1:AC1') ws.merge_cells('AD1:AI1') ws.merge_cells('AJ1:AO1') ws.merge_cells('AP1:AU1') ws.merge_cells('AV1:BA1') ws.merge_cells('BB1...
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: SelecttheForceField: From'/public/software/.local/easybuild/software/GROMACS/2021-gromacs-cpu-new/share/gromacs/top':
docsMerge release-2025 into main 1 week ago python_packagingAdded std:: prefix to remaining occurences of f{open,close,flush,read,write} 3 days ago scriptsFix broken completions for zsh-5.9 on Mac OS Sonoma 1 year ago shareRemove unused files from share/top ...
pdb2gmx是我们用到的第一个GROMACS模块, 它的作用的是产生三个文件:分子拓扑文件topol.top、位置限制文件posre.itp、后处理结构文件protein_processed.gro,具体命令如下: gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all 此时会出现如下选择力场的提示: Select the Force ...
然后是要下载力场文件的，然后根据自己体系加参数，因为我是用的charmm力场，所以就是在merge.rtp文件中...
Merge release-2022 into release-2023 Feb 6, 2023 Repository files navigation README LGPL-2.1 license Welcome to the official version of GROMACS! If you are familiar with Unix, it should be fairly trivial to compile and install GROMACS. GROMACS uses only the CMake build system, and our instal...
gmx pdb2gmx -f RIB.pdb -o RIB_merge.pdb -water spce -merge interactive -chainsep id_and_ter -ff charmm27 注意: 我使用的pdb文件是同源建模得到的抗体的文件,其中有H/L链之分。 这里没有用交互模式选择力场,而是用-ff指定。 命令执行后,会为每一条链生成对应的位置文件和力场文件 ...