编辑于 2024年07月20日 19:05 后处理指令: same residue as within 3 of name Zn ,this code for coordination of gpu加速:gmx mdrun -v -deffnm md -nt 10 -pin on -pinoffset 0 -pinstride 1 -gpu_id 0 -update gpugmx mdrun -v -deffnm md -nt 10 -pin on -pinoffset 10 -pinstride 1 ...
一、单节点使用多块GPU 我拥有1个节点cn01,每个节点配有一块CPU(6核),两块GPU。 启用1个mpi进程 1个GPU mpirun-n1gmx_mpi mdrun -ntomp6-gpi_id1 启用2个mpi进程 1个GPU(要写两次) mpirun-n2gmx_mpi mdrun -ntomp3-gpi_id00(用gpu0) 或者 mpirun-n2gmx_mpi mdrun -ntomp3-gpi_id11(用gpu1)...
01 使用id为X和Y的显卡计算，比如-gpu_id 0123，说明使用4块显卡进行计算, -gpu_id 12，使用第...
01 使用id为X和Y的显卡计算，比如-gpu_id 0123，说明使用4块显卡进行计算, -gpu_id 12，使用第...
dsub -A accountgroup -oo "$HOME/GROMACS_GPU/LOGS/mpi_out_%J_%I.txt" -eo "$HOME/GROMACS_GPU/LOGS/mpi_error_%J_%I.txt" -EP $HOME/GROMACS_GPU/case -N 1 -R 'cpu=128;gpu=1' --job_type cosched:hmpi $HOME/GROMACS_GPU/gromacs_bs_hmpi_cuda_run.sh 回显如下类似信息。 JOBID MES...
以下脚本使用 MPS 向 8- GPU DGX A100 服务器启动多个模拟。 1 #!/bin/bash 2 # Demonstrator script to run multiple simulations per GPU with MPS on DGX-A100 3 # 4 # Alan Gray, NVIDIA 5 6 # Location of GROMACS binary 7 GMX=/lustre/fsw/devtech/hpc-devtech/alang/grom...
2.GPU是基于大吞吐量的设计 GPU有小的Cache,用来促进吞吐量;简单的控制,没有分支预测和数据转发;高效节能的ALU,很多延迟很长的ALU,但是为了高吞吐量被重度管线化;需要开启大量的线程才能降低延迟。 相应地,我们可以这样说:GPU适用于计算密集型和易于并发的程序(1)(2)。
1.4/build-gpu接着输入命令：makemake checksudo make installsource /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu...
(R) Platinum 8268 CPU @ 2.90GHz Family: 6 Model: 85 Stepping: 7 0000:86:00.0 Id: 10de:1db6 Class: 0x0302 Numa: 1 0000:af:00.0 Id: 15b3:101b Class: 0x0207 Numa: 1 0000:af:00.1 Id: 15b3:101b Class: 0x0207 Numa: 1 GPU info: Number of GPUs detected: 2 #0: NVIDIA Tesla...
./gmx_batch.sh /path/to/workpath $mol_dir_name $gpu_id 其中,/path/to/workpath为工作目录相对Sobtop目录的路径,$mol_dir_name为小分子文件夹名,$gpu_id为显卡ID。 什么,你说你没有GPU?那请自行修改脚本中gpu的相关参数 TODO 蛋白文件批量生成,实现仅需.pdb与.mol2,一行命令即可运行完整分子动力学。