] 输入的结构文件 -o [file.ndx] 输出的索引文件 该命令为交互式命令,根据实际需要输入例如,需要将group3里的所有名称为OW和HW1的原子的所有索引作为一个group,可写为 3 & a OW HW1 gmx rdf 计算径向分布函数,默认周期性边界条件 -f [file.xtc/trr] 输入轨迹文件 -n [file.ndx] 索引文件 -o [file.x...
pdb2gmx是一个常用命令。遗憾的是我在网上没有找到专门介绍这个命令的文章,不过我还是觉得为Gromacs命令专门写一个系列是值得的。 pdb2gmx最常用于生成拓扑文件。以下是它与文件相关的指令: -f:(input)结构文件,gro pdb tpr 不常见的有g96 brk ent esp tpb tpa -o:(output)结构文件,gro pdb g96 brk ent ...
grompp -f md1.mdp -c eq.gro -pa.top-o md1.tpr -t eq.cpt -e eq.edr mdrun -v -deffnm md1 gmx convert-tpr- 生成修改的运行输出文件 1.4. 查看轨迹 gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹 gmx view - 在 X-Windows 终端显示轨迹 2.结果分析命令 2.1. 分析轨迹 gmx gangle - 计算角度...
13、an17-5 g_nmtraj 产生本征模的振荡轨迹17-6 g_anaeig 正态模式分析17-7 g_nmens 从正常模式生成的结构合奏分析命令1 groups in analysis1-1 make_ndx to generate an index file consisting of a series of atom numbers 1-2 mk_angndx to generate an index file with angles or dihedralsdefault...
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -o first.pdb -dump 0 以上命令可输入轨迹中的第一帧,即0 ps时的结构,通过“-dump”可指定时间,单位为ps。2.间隔固定时间导出帧 除了单帧导出外,可能还需要间隔帧导出,比如制作分子动力学轨迹动画时,直接使用原轨迹制作,轨迹文件较大,容易...
具体的命令格式如下: bash gmx rdf -f trajectory.xtc -s topol.tpr -o rdf.xvg -n index.ndx 其中,trajectory.xtc是包含分子轨迹信息的文件,topol.tpr是包含模拟参数和拓扑信息的文件,rdf.xvg是输出的RDF文件,index.ndx是包含需要计算RDF的分子或原子的索引文件。 3. 检查结果:完成计算后,可以在指定的输出...
首先使用editconf模块定义盒子的大小,输入以下命令:gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 上述命令会将蛋白置于立方体盒子的中心(-bt cubic),此外,“-d”指定分子到盒子边缘的距离,“1.0”表示1nm。下面使用solvate模块给盒子中填充溶剂(水),输入以下命令:...
gmx mdrun -v -deffnm md -nt 10 -pin on -pinoffset 10 -pinstride 1 -gpu_id 1 -update gpu windows下,运行命令 命令一:gmx mdrun -v -deffnm md; 命令二:gmx mdrun -v -deffnm md -gpu_id 0 -ntmpi 1 -ntomp 8 ; gpu
9-1g_trajplots x, v, f, box, temperature and rotational energy 9-2g_gyrate计算回转半径 9-3g_msd计算均方位移 9-4g_polystat计算聚合物的静态属性 9-5g_rotacf计算分子转动的相关函数 9-6g_rdf径向分布函数的计算 9-7g_rotmat根据参考结构绘制旋转矩阵图 9-8g_vanhove计算凡霍夫位移函数 10Analyzing...
通过以上命令,叠合的两个结构会写入至“fit.pdb”文件中。 5.分子动力学轨迹聚类 聚类(Clustering)是按照某个特定标准(如距离)把一个数据集分割成不同的类或簇,使得同一个簇内的数据对象的相似性尽可能大,同时不在同一个簇中的数据对象的差异...