利用新的tpr文件以及上一次模拟生成的cpt文件进行模拟。 具体如下: 假设已经完成了10 ns的模拟(md_10.tpr),计划将其延长10 ns到20 ns,那么第一步: gmx_mpi convert-tpr -s md_10.tpr -extend 10000 -o md_20.tpr 然后进行模拟: gmx mdrun -v -deffnm md_20 -cpi md_10.cpt -noappend 之后会得...
CPT文件:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟因为外界条件中断,可以使用该文件重新在断点处开始模拟,以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始,并延长模拟计...
经常有人喜欢删除这个文件,吃饱了撑得没事干,一般计算会出现2个.cpt文件,千万不要删,后续你可能要续跑,原因有可能断电了,需要重新跑,也有可能跑的时间太短,需要加长时间。续跑的时候再具体聊细节。 gromacs基本文件-输出轨迹文件 TRR文件Trajectory file (.trr),二进制,轨道文件(.trr),一旦运行时输入参数文件(....
CPT文件:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟因为外界条件中断,可以使用该文件重新在断点处开始模拟,以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始,并延长模拟...
CPT文件：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（.trr）中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等），可以使用该文件重新在断点处开始模拟，以节省模拟...
用gro,top,mdp文件生成tpr，模拟结束生成trr,edr,cpt,gro,log文件，其中cpt文件又有xx.cpt和xx_prev....
log:日志文件 cpt:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断(如断电,模拟人发脾气砸电脑等),可以使用该文件重新在断点处开始模拟,以节省模拟时...
GROMACS各种文件格式介绍如下：CPT文件 ：模拟断点文件，用于记录模拟过程中的关键信息，便于恢复中断的模拟或延长计算。EDR文件 ：能量数据文件，记录系统能量数据，包括各能量组的相互作用能量等，对于能量分析至关重要。EPS文件 ：图片文件，非GROMACS标准格式，常用于保存模拟结果的图像，但可能需要特定软件...
GROMACS支持的文件格式及其介绍如下：CPT文件：模拟断点文件，记录模拟系统信息。用于恢复中断的模拟或延长计算。EDR文件：记录能量数据，如相互作用能量等，用于能量分析。EPS文件：通常用于存储处理后的图形，如DSSP的输出，不是GROMACS原生文件格式。G87文件：坐标文件，仅含原子坐标和速度，格式相对简单。G96...
当模拟因为停电或其他原因中断时,GROMACS会定期生成存档文件(.cpt文件),这些文件存储了系统的坐标和速度。要从中断的位置继续模拟,可以使用-cpi命令指定要读取的.cpt文件。具体命令如下: bash gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt 这条命令会从md.cpt存档点继续模拟,直到正常结束。 延长模拟 如果模拟正常结束...