操作系统：CentOS7，CUDA版本：10.2， gcc版本：7.3.1，gromacs版本：2019.3安装方法参考：GROMACS的...
$ cd $HOME/download $ wgetftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.4.tar.gz $ tar xf...
mkdir buildcdbuild cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON make make check sudo make installsource/usr/local/gromacs/bin/GMXRC# 将其添加到 ~/.bashrc 最后一行 4. 安装acpype wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_...
三.MMPBSA(使用的是李继存老师的脚本,参考链接:科学网—gmx_mmpbsa使用说明 - 李继存的博文 (sciencenet.cn)) (1)安装ABPS(我用的是apbs3.0。Windows链接https://github.com/Electrostatics/apbs/releases/download/v3.0.0/APBS-3.0.0_Windows.zip).其他版本下载链接Releases · Electrostatics/apbs (github.com)...
wgethttps://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.23.1/cmake-3.23.1.tar.gz tar -xvf cmake-3.23.1.tar.gz cd cmake-3.23.1 ./bootstrap ./configure --prefix=/root/cmake make make install 等待安装完成(可用-j指定cpu核数),或者下载编译好的cmake版本,解压并在后续指定路径(bash ./...
对于用CUDA方式加速,先去https://developer.nvidia.com/cuda-downloads下载CUDA toolkit并安装到默认路径,之后编译GROMACS方法同前,区别仅是cmake3这一步额外加上-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda选项(以实际CUDA tookit安装路径为准)。如果你装的是GROMACS >= 2021版,-DGMX_GPU=ON应...
首先安装Visual Studio,这里用的是Visual Studio 2019。Visual Studio最低级的是community(社区)版,是完全免费的。大家在https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/downloads/就可以下载到最新版。下载到的是一个非常小的安装器,启动它就可以在线安装(目前的Visual Studio是没有镜像文件的。虽然也有办法把其组件...
2. https://manual.gromacs.org/current/download.html #下载2022.5版本即可 3. https://codeload.github.com/plumed/plumed2/zip/refs/tags/v2.9.0 #下载plumed,为gromacs打补丁 4. tar -xf cp2k-2024.1.tar.bz2 #解压CP2K ## 2. 安装cp2k
Download and Availability The GromacsWrapper home page ishttp://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper. The latest release of the package is being made available fromhttps://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper/releases You can also clone theGromacsWrapper git repositoryor fork for your own developm...
3.下载最新的GROMACS源代码。可以从官方网站（http://www.gromacs.org/Downloads）下载tar.gz压缩文件。