因为自己在学习gromacs的时候是在油管上看的视频,但基本都是gromacs tutorial里的水中的溶菌酶这个第一个教程,所以想着把蛋白质配体复合物的模拟做个记录,可能会有不严谨或者错误的地方,多多包涵。如果能稍微帮到自学gromacs的人就太好了。知识 野生技能协会 蛋白质 分子动力学模拟 ...
解释RMSD变化这种问题一律结合轨迹去分析，看轨迹动画、绘制轨迹多帧叠加图等。光看这曲线谁也说不准 ...
论文的Motivation: 本研究的主要目标是自动化和复现Gromacs蛋白质/蛋白质-配体复合物和蛋白质在水中的模拟工作流。为了简化模拟输入和参数化,我们开发了一个自动化的bash工作流。同时,该工作流还包括轨迹分析和基于MM/PBSA的自由能计算,以评估蛋白质-蛋白质/配体相互作用和候选化合物的性质。通过提供图形用户界面和减少...
Gromacs教程五蛋白质配体复合物跟着Gromacs教程五的步骤来做分子模拟,但是从第二个程序就出现了问题,,说在拓扑数据库中找不到JZ4,请问有人可以教教我吗?真的要自闭了,自查不出问题 @gyesang 发自小木虫Android客户端回复此楼» 猜你喜欢2025年度四川省科技厅第一批项目申报交流 已经有8人回复 硕士或博士,读到...