因此,scGRO-seq可以揭开细胞周期中动态转录程序。 远端调控元件对基因表达调控是一个备受关注的领域。scGRO-seq 因为可以捕获基因和活性增强子的转录本,从而能够测量单细胞中的共同激活特征。为了刻画两者的共同激活,作者们分析了基因前10kb的scGRO-seq读数以及增...
GRO-seq对样本数量有很高的要求,因为它的测序完全依赖于新生的RNA,单细胞的GRO-seq基本上是不可行的,因为很难保证每个细胞在冷冻处理后都可以恢复转录。 如果你处理过GRO-seq数据,你会发现它的信号比一般的RNA-seq要强很多,这也可能是样本量导致的。 有条件的实验室可以把提取好的细胞核冷冻后送给公司测序,不过一...
结果发现,scGRO-seq检测到组蛋白位点体中复制依赖性组蛋白基因的活性转录,并且可对S 期细胞进行分类(图3a),通过不同细胞周期期特异性基因表达的分层聚类揭示单个细胞的三个重要簇,三个簇具有不同的细胞比例代表细胞不同周期阶段的长度(图3b),不同细胞周期转录水平存在差异(图3c)。
GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA（nascent RNA）的方法。GRO-seq是RNA-seq的衍生品，旨在通过直接检测新生RNA产物来衡量转录本的表达量。其思路如下：从而获取全基因范围内的参与转录的RNA聚合酶的位置、数量和定位，即所有参与DNA聚合酶位置和定向的高分辨率虚拟图...
f, scGRO-seq和内含子seqFISH数据之间基因突发频率的相关性。 g, 启动子元件在猝发尺寸大于1(左)和猝发频率(右)时的影响。Inr,引发剂基序。中心线表示分布的中位数。 h, 基因集富集分析,显示转录因子在确定突发频率和突发大小中的作用。 见图三
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GRO-seqNuclear Run-OnNascent RNATranscriptomeIn the past decade, deep-sequencing approaches have greatly improved our knowledge of the genome's potential and have become a crucial milestone for new discoveries in genomics. Transcription is the first step of gene expression; therefore, the detection ...
GRO-seq(新生RNA-seq)服务 GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法,可用于系统鉴定eRNA分子。 更多 RIP-seq RIP(RNA Immunprecipitation)是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术,适用于研究转录后调控网络动态过程, 能帮助我们发现特定蛋白质的目标 RNA 分子,包括 lncRNA、mRNA 或...
et al. RNA polymerase II activity revealed by GRO-seq and pNET-seq in Arabidopsis. Nature Plants 4, 1112–1123 (2018). https://doi.org/10.1038/s41477-018-0280-0 Download citation Received04 February 2018 Accepted14 September 2018 Published29 October 2018 Issue DateDecember 2018 DOIhttps://...