g:Profiler 网络服务使用 Python/Flask API 后端和基于 JSON 的 API 以便于数据交换。SQLite 为每个生物体存储数据在单独的数据库中,并使用 roaring bitmaps 进行每个术语的快速基因集计算。使用g:Convert 和 g:Orth 实现基因列表的互操作性:依赖Ensembl 的核心优势是能够为 g:GOSt 用
gProfiler combines multiple sampling profilers to produce unified visualization of what your CPU is spending time on, displaying stack traces of all processes running on your system across native programs1 (includes Golang), Java and Python runtimes, and kernel routines. gProfiler can upload its ...
2016年更新的版本中增加了更多的数据集来解释基因列表,包括转录因子结合位点预测、孟德尔疾病注释及人类基因多态性的蛋白质表达、复合物和基因映射信息。除了交互式的web界面外,还可以通过R包、Python接口、BioJS组件和Cytoscape插件使用g:Profiler。g:Profiler在线工具的网址为http:///gprofiler/。 g:Profiler包括以下六...
要将gProfiler ID转换为基因名称,您可以使用gProfiler的R包或Python库。下面是使用R包进行转换的示例: 安装和加载gProfiler包: ```R install.packages("gprofiler") library(gprofiler) ``` 然后,使用`gconvert`函数将gProfiler ID转换为基因名称: ```R # 创建一个包含gProfiler ID的向量 gprofiler_ids <-...
Previously, gprofiler binary is being built using python 3.6, it is now updated to 3.10 Description Addition of openssl and python building in the centos 7 container Related Issue #583 Motivation and Context It will allow to use modern python functionalities How Has This Been Tested? Manually Sc...
推荐一个做基因富集的网站:g:Profiler 网址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gostg:Profiler是一个用于功能丰富分析和基因列表转换的Web服务器,与最常见的DAVID相比,速度更快,界面也更友好,交互式的画面对非生信人员也很容易操作。 用法很简单,只需要在Query下输入要富集的基因list,并可以选择这个基因list是否已...
python 函数或模块性能分析 line-profiler 模块 安装:根据自己需要 pip install IPython==5.10.0 -i http://mirrors.xx.org/pypi/web/simple/ --trusted-host mirrors.xx.org pip install setuptools==45.0.0 -i http://mirrors.xx.org/pypi/web/simple/ --trusted-host mirrors.xx.org...
Besides the interactive web interface, g:Profiler can be accessed in computational pipelines using our R package, Python interface and BioJS component. g:Profiler is freely available at http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/. 展开 DOI: 10.1093/nar/gkw199 ...
g:Profiler使用Fisher精确检验分析基因列表,并使用修改的Fisher检验对基因列表进行排列。它提供了图形Web界面,并可以通过R和Python编程语言进行访问。该软件更新速度快,并且gene set database可以以GMT为文件被下载。GMT文件是ZIP格式的压缩包,包含了g:Profiler使用的所有基因集。
它通过R和Python编程语言提供图形化web界面和访问。该软件经常更新,基因集数据库可以作为GMT文件下载(http://biit.cs.ut.ee/gprofiler)。GSEA使用基于排列的测试分析排序的基因列表。该软件通常作为桌面应用程序运行(http://software.broadinstitute.org/gsea)。目前存在数百种通路富集分析工具,由于许多工具依赖于out...