probe_id 和symbol的转换并对应至表达矩阵 获取芯片注释信息#代码如下gpl_number='GPL6244'ids = idmap(gpl_number) 可以看到,探针ID和symbol的对应关系如下:> head(ids) probe_id symbol448262 7896759 LINC01128448263 7896761 SAMD11448264 7896779 KL
symbol 和 ENTREZID转换 gsea分析需要基因的ENTREZID,根据物种进行转换 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #加ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join) deg$symbol=rownames(deg) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) s2e <- bitr(deg$symbol, fromType = "SYMB...
probe_id 和symbol的转换并对应至表达矩阵 获取芯片注释信息 代码如下:library(stringr)ids=idmap('GPL6244')#超级好用的函数,首选,如果不行再尝试其他dim(ids) 可以看到此芯片的探针与基因ID或者symbol的对应关系如下所示:> head(ids) probe_id symbol586103 ILMN_1343291 EEF1A1586104 ILMN_1343295 GAPDH586105...
probe_id 和symbol的转换并对应至表达矩阵 获取芯片注释信息#代码如下gpl_number='GPL6244'ids = idmap(gpl_number) 可以看到,探针ID和symbol的对应关系如下:> head(ids) probe_id symbol448262 7896759 LINC01128448263 7896761 SAMD11448264 7896779 KLHL17448265 7896798 PLEKHN1448266 7896817 ISG15448267 7896822...