acc=GPL14877 但是,我在在利用hgu133plus2.db进行探针名转换为基因名时出现问题 ,代码如下: library(hgu133plus2.db) ids=toTable(hgu133plus2SYMBOL) #toTable这个函数:通过看hgu133plus2.db这个包的说明书知道提取probe_id(探针名)和symbol(基因名)的对应关系的表达矩阵的函数为toTable head(ids) #head为...
sep="\t",header=T)# 看一下数据head(GPL570)head(GPL14877)library(hgu133plus2.db)ids=toTable(hgu133plus2SYMBOL)head(ids)#head为查看前六行table(GPL14877$Probe.Set.Name%in%GPL570$probe_id)table(GPL14877$Probe.Set.Name%in%ids$probe_id)table(GPL570$probe_id%in%ids$probe_id)...
library(hgu133plus2.db) ids=toTable(hgu133plus2SYMBOL)#toTable这个函数:通过看hgu133plus2.db这个包的说明书知道提取probe_id(探针名)和symbol(基因名)的对应关系的表达矩阵的函数为toTablehead(ids)#head为查看前六行colnames(ids)=c('probe_id','symbol') ids=ids[ids$symbol !='',] dim(ids)# ...
本来这个芯片设计的是五万多个探针,最后只剩下了18926个基因 This array is identical to GPL570 but the data were analyzed with a custom CDF Brainarray Version 15, hgu133plus2hsentrezg.
这个Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array [Brainarray Version 13, HGU133Plus2_Hs_ENTREZG],,上面写的是 芯片与GPL570相同,我怀疑是R包hgu133plus2.db的问题,所以使用jimmy老师的 AnnoProbe rm(list = ls())## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors =F) ...