GOplot使用了zscore概念,但其并不是指Z-score标准化,而是指每个GO term下上调(logFC>0)基因数和下调基因数的差与注释到GO term基因数平方根的商。用于表示参与某个GO Term下基因的上调或下调情况,公式: zscore is an easy to calculate value to give you a hint if the biological process (/molecular fu...
首先是barplot图,纵坐标是adj.pvalue,横纵标是GO id,通过柱子颜色来展示zscore GOBar(circ, display = 'multiple') GOplot-barplot bubble图,以adj.pvalue为纵坐标,zscore为横纵标,对于满足一定阈值(比如log10(adj.pvalue) > 3)的显示GO id(PS.这里的纵坐标写着是log是指log10) GOBubble(circ, display...
GOplot使用了zscore概念,但其并不是指Z-score标准化,而是指每个GO term下上调(logFC>0)基因数和下调基因数的差与注释到GO term基因数平方根的商。用于表示每个GO Term的上下调情况,公式: 可视化 条图 GOBar(subset(circ, category == 'BP')) zscore用于表示每个Term的上下调情况 #以terms的分类进行分面 ...
GOplot使用了zscore概念,但其并不是指Z-score标准化,而是指每个GO term下上调(logFC>0)基因数和下调基因数的差与注释到GO term基因数平方根的商。用于表示每个GO Term的上下调情况,公式: 可视化 条图 GOBar(subset(circ, category == 'BP')) zscore用于表示每个Term的上下调情况# 以terms的分类进行分面GO...
title = 'Z-score coloured barplot', zsc.col = c('red', 'white', 'blue')) plot of chunk unnamed-chunk-10 气泡图 把BP,CC,MF都画在一张图里,并添加条目信息表格: GOBubble(circ, labels = 3) plot of chunk unnamed-chunk-11 当然也可以分面画,可以更改标题、颜色等: GOBubble(circ, ti...
GOplot 使用了z-score概念,但其并不是指Z-score标准化,而是指每个GO term下上调(logFC>0)基因数和下调基因数的差与注释到GO term基因数平方根的商。用于表示每个GO Term的上下调情况,公式: zscore is an easy to calculate value to give you a hint if the biological process (/molecular function/cellul...
z-score:表示BP(/MF/CC)是更可能下降(负值)或者升高(正值) logFC:基因倍数变化 count:GO term包含的基因数 adj p:校正的P值 GO term,例如GO:0007507是heart development GOBar X轴是GO terms,Y轴是adj p,颜色代表z-score GOBubble X轴是z-score,Y轴是adj p。3种颜色代表3大类(BP,CC,MF),一个气泡...
GOBar(circ,# category == 'BP',display = 'multiple', # singleorder.by.zscore = F, #ordertitle = 'Z-score coloured barplot',zsc.col = c('yellow', 'black', 'cyan')) GOBubble 进行了一步过滤,以减少重叠。若不过滤可直接将数据改为circ ...
logFC adj_pval zscore 1 -0.9707875 2.17e-06 -0.8164966 2 -1.5153173 2.17e-06 -0.8164966 3 -1.1412315 2.17e-06 -0.8164966 4 1.3813006 2.17e-06 -0.8164966 5 -0.8876939 2.17e-06 -0.8164966 6 -0.8179480 2.17e-06 -0.8164966 我们自己的数据按照这个格式准备应该就可以 - 柱形图 ...
The z-score is assigned to the x-axis and the negative logarithm of the adjusted p-value to the y-axis, as in the barplot (the higher the more significant). The area of the displayed circles is proportional to the number of genes (circ$count) assigned to the term and the colour ...