alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分,它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度,对某个样品或多个样品进行物种丰度(Richness)和群落中个体分配的均匀度(Eveness)两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括:Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。 Question...
Alpha多样性主要与两个因素有关:一是种类数目,即丰富度;二是多样性,群落中个体分配上的均匀性。群落丰富度(Community richness)的指数主要包括Chao1指数和ACE指数。群落多样性(Community diversity)的指数,包括Shannon指数和Simpson指数。另外,还有...
6. ACE指数:同样是利用稀有物种估算物种多样性的指数,,其值越高代表群落物种种类越丰富。 7. Goods_coverage:常用于微生物16S/18S/ITS测序中,作为反映测序深度的指标,其值越接近于1,说明测序深度越合理,即该深度已经基本覆盖到样品中所有的物种;反之,测序深度不高,许多物种仅被测到了一次,暗示着很多低丰度物种可...