5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。 上面这张figure分了四张柱形图来分别展示BP,CC,MF和...
如下图所示,在功能富集分析的结果中有多个折叠栏,其中Gene_Ontology (3 selected)这一折叠栏中有三个栏目(蓝框):GOTERM_BP_FAT、 GOTERM_CC_FAT、 GOTERM_MF_FAT就是是我们想要的GO功能富集分析结果。而Pathways (3 selected)里面有一个KEGG_PATHWAY(蓝框)就是我们想要的结果。如何找到BP、CC、MF和KEGG对应...
write.table(as.data.frame(CC), 'go.CC.txt', sep = '\t', row.names = FALSE, quote = FALSE) write.table(as.data.frame(MF), 'go.MF.txt', sep = '\t', row.names = FALSE, quote = FALSE) GO富集分析结果表格 4. KEGG富集分析 读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEG...
00:00/00:00 GO BP,CC,MF,KEGG pathway富集结果上调和下调放一起的点线图 微生信发布于:上海市2023.09.28 14:42 +1 首赞 使用不同的颜色条,加上分面,将GO,KEGG富集分析上调和下调结果整合在一张图中。
二、同时有BP、MF、CC的柱形图 1. 图例 (一)模板 英文:GO/KEGG analysis of(). The GO terms included biological processes, cellular components, and molecular functions. Notably, () 中文:GO/ KEGG分析()。GO术语包括生物过程,细胞组分和分子函数。尤其,() ...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。
3. GO富集分析(分为BP, CC和MF) # BP, CC和MF三种通路都一起富集 ego_ALL <- enrichGO(gene = row.names(sig_dge.all), #universe = row.names(dge.celltype), OrgDb = 'org.Hs.eg.db', keyType = 'SYMBOL', ont = "ALL", #设置为ALL时BP, CC, MF都计算 pAdjustMethod = "BH", pva...
基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示 5.GO和KEGG富集分析视频讲解 6.KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图 7.GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol 8.GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算转藏 分享 献花(0) ...
GO注释分为三大类,分别是:分子生物学功能(Molecular Function,MF)、生物学过程(Biological Process,BP)和细胞学组分(Cellular Components,CC),通过这三个功能大类,对一个基因的功能进行多方面的限定和描述。 而KEGG,大多数听说过KEGG的人都会把它当做一个基因通路(Pathway)的数据库,其实人家的功能远不止于此。KEGG...
在”background“中依旧选择人类,然后点击use,之后就可以愉快的查看结果了,我们关心的是GO和KEGG的结果,所以先点击右侧的gene_ontology,出现内容如下所示: 打开网易新闻 查看精彩图片 其中BP代表(biological process),CC代表(cellular component),MF代表(Molecular Function),我们所关心的是BP所以点开GOTERM_direct_BP,...