如果你想在富集分析结果中显示上下调基因,那么目的基因文件必须包含两列,第1列为基因id,第2列为log2FC值(差异倍数取对数)。 注意,如果使用工具自带的背景文件,那么目的基因文件的基因ID类型(第1列)需要使用BioMart等工具转换为Ensembl ID,如果是自己准备的背景基因文件则无此限制,只需目的基因id与背景基因id一致即可。
#使用online KEGG 注释信息; kegg<- enrichKEGG(genelist2, organism = 'hsa', keyType= 'kegg', pvalueCutoff= 0.05, pAdjustMethod= 'BH', qvalueCutoff= 0.2, use_internal_data= F) #查看kegg富集结果; kegg_result<-kegg@result head(kegg_result[c(-2,-8)]) #绘制气泡图; p3<-dotplot(kegg...
1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(clusterProfiler)library(enrichplot)library(tidyverse)#library(org.Hs.eg.db)library(org.Mm.e...
使用富集分析工具分别分析每个时间点中上调和下调基因分别参与GO功能和KEGG通路。参数富集基因个数count>=2,超几何检验显著性阈值Pvalue<0.05(视为显著富集结果)。 VennPlex文氏图得到116个差异表达基因在3个时间点表达变化方向一致,基因功能富集结果见表1。 表1 差异表达基因的功能富集分析(每种结果只显示TOP 5,其余...
《GO、KEGG富集分析如何显示上下调基因?》 《基因、代谢物如何做KEGG富集分析?》 《多个基因集直观比较?基因信息有效挖掘?GSEA分析还不拿捏住吗!》 2 g:Profiler 基因富集分析主要用到g:Profiler中的g:GOSt小工具,涉及到的功能注释数据库除了常见的GO和KEGG,还有Reactome、WikiPathways、TRANSFAC、miRTarBase、Human Pr...
GWAS分析中的GO和KEGG富集分析教程 大家好,我是邓飞,上一次,我们介绍如何根据显著性snp,使用bedtools根据上下游距离,根据gff文件注释基因。(使用bedtools进行gwas基因注释) 这一次,介绍一下如何根据注释的基因,进行富集分析,主要是看一下GWAS定位的基因有没有某一个趋势,也算是一种验证的方法。比如籽粒大小找到的30...
汇总上/下调基因富集结果 如果想要绘制同时展示上下调通路富集结果的条形图，我们可以分别提取合并成一个新...
一、基本分析 接下来,具体看看如何操作。step1:直接粘贴基因名称。step2:选择物种。step3:点击Express Analysis(包含所有结果)。就可以坐等结果了。 图片 分析结束后点击analysis report就可以查看结果了。包含富集结果柱状图,这个结果已经是去除冗余信息的: 图片 ...
基因的功能富集,可以让你快速地了解所获得的基因具有怎样的生物功能,它们主要集中在哪些生物通路。clusterProfiler、GOplot这两个工具可以说是在众多GO富集分析软件中脱颖而出,它们不仅能够支持多个数据库(GO/KEGG/DOSE/MSigDb/Reactome),还能绘出高大上的CNS级别富集图。那么,今天主要就是介绍如何结合这两个软件,让你...
多组富集分析compareCluster 可修改fun = enrichKEGG为KEGG分析 Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) 代码语言:javascript 复制 ### step2:富集分析 ###library(clusterProfiler)xx<-compareCluster(total,fun="enrichGO",OrgDb...