MF(Molecular Function)即分子功能,描述基因产物在分子水平上的活动,如催化活性、结合能力(如DNA结合、蛋白质结合)、转运活性等。MF关注的是基因产物直接参与的生物化学活动,通过MF分析,研究人员可以了解基因在生物体内的具体作用方式和功能特点。 BP、CC、MF在GO富集分析中的...
GO富集分析主要涉及三个分支:生物过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。下面将详细解释这三个分支在GO富集分析中的含义、应用方法,并提供相关的分析步骤、工具推荐及注意事项。 一、BP、CC、MF在GO富集分析中的含义 生物过程(BP): 描述生物学上发生的...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。 上面这张figure分了四张柱形图来分别展示BP,CC,MF...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。
③生物过程 (BP): 定义:生物过程是指由多个分子活动协同作用以实现特定结果的“生物程序”。 GO 三个方面的关系:GO 的三个方面相互关联,共同描述基因和基因产物的功能。 例如,一个基因产物可能具有多种分子功能(MF),并参与多个生物过程(BP),这些活动在不同的细胞组分(CC)中发生。
实现R语言GO分析bp mf cc三合一双侧条形图 摘要 在本文中,我将指导一名刚入行的小白如何使用R语言实现GO分析中的bp(生物过程)、mf(分子功能)和cc(细胞组件)三合一双侧条形图。我将逐步介绍整个流程并提供相应的代码示例,帮助小白顺利完成任务。 流程图 ...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开GOID批量转换页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/batch_assign_goid_into_go_term_bp_cc_mf_t019 2, 粘贴待转换的GOIDs 将需要转换的GOID粘贴到必需输入输入框。一行一个GOID,名字必需是GO...
数据集数据集GSE35257和GSE121190中具有下调功能的差异表达基因 实验组和正常组差异表达基因的火山图 GO分析的BP、CC、MF三合一条形图 肾纤维化中差异表达基因的富集点气泡 肾纤维化中的差异表达基因的水平条形图 差异表达基因建立的PPI网络图 10个中心基因的相互作用图 相关...
基因本体论(Gene Ontology, GO)是一个在生物信息学中至关重要的数据库,它详细描述了基因的功能。这个数据库提供了全球最大的基因功能信息来源,既适合人类阅读,也适用于机器分析大规模的分子生物学和遗传学数据。GO数据库主要从三个方面来描述基因:细胞成分(CC)、生物学过程(BP)和分子功能(MF)。 细胞成分(CC) ...
GO富集分析的结果通常用条形图表示,选择BP、MF、CC中差异基因数大于2的十个条目,条形高度越高,其富集基因数目越多,pvalue值越小。 在这里我们总结了3类常见应用及结构内容,如下所示: 条形图 点击蓝字 关注我们 一、常见柱形图 1. 图例 (一)模板