举个例子,GO0006119:氧化磷酸化,这就是一个go term,前面是它的独特ID(无实义),后面是他所描述的性质,他是GO0008150:生物学过程的子term,这意味着所有被这个term 所标注的基因,都会在氧化磷酸化过程中起作用,理所应当的,也就是在某一生物学过程(它的父term所描述的)中起作用。 像这样通过对某个...
查询特定GO术语的基因: 假设我们对GO术语“GO:0008150”(biological_process)的基因感兴趣,可以使用以下代码查询: goID <- "GO:0008150" genes <- AnnotationDbi::select(GO.db, keys = goID, columns = "GENEID", keytype = "GOID") 提取并显示基因列表: geneList <- genes$GENEID print(geneList) 五、...
=None:parents_list=list(goterm_obj.get_all_parents())all_goterm_list=list(set(all_goterm_list+parents_list))else:all_goterm_list.remove(goterm)continue# remove top level# GO:0003674 molecular_function# GO:0005575 cellular_component# GO:0008150 biological_processall_goterm_obj_list=[obofile...
GO数据库，全称为Gene Ontology（基因本体），它通过细胞组分、分子功能与生物过程三大类目，为基因功能提供标准化描述。每个GO术语对应特定的基因功能，形成有向无环图，显示不同功能之间的包含或关联关系。例如，氧化磷酸化（GO0006119）作为生物过程（GO0008150）的子集，用于标注与该过程相关的基因。KEGG数...
go_term <- GOTERM[["GO:0008150"]] go_term 获取GO术语的定义 go_definition <- Term(go_term) go_definition 通过以上步骤,用户可以在R语言中成功安装并使用GO相关的包进行基因本体论分析。 总结与建议 安装R语言中的GO相关包有多种方法,其中最常用的是通过BiocManager进行安装,确保包的最新和稳定性。用户...
手动过滤掉泛化的 GO 分类(如 GO:0008150,表示通用的生物学过程)。 示例:R 复制代码 library(org.Hs.eg.db) go_map <- AnnotationDbi::as.list(org.Hs.egGO2ALLEGS) filtered_go_map <- Filter(function(x) length(x) > 15 & length(x) < 300, go_map) 5.结果后处理即使通过上述方法过滤基因数量...
手动过滤掉泛化的 GO 分类(如 GO:0008150,表示通用的生物学过程)。 示例:R 复制代码 library(org.Hs.eg.db) go_map <- AnnotationDbi::as.list(org.Hs.egGO2ALLEGS) filtered_go_map <- Filter(function(x) length(x) > 15 & length(x) < 300, go_map) 5.结果后处理即使通过上述方法过滤基因数量...
GO0019882 -> GO0048002; GO0002376 -> GO0019882; GO0008150 -> GO0002376; } 最后用Graphviz 进行可视化 dot -T pdf GO0002485.dot -o GO0002485.pdf 效果图如下: 这里全部采用了默认的格式,其实还可以在这个基础上再修改样式,使图片更加的美观;...
Additional file 2 Distribution of Gene-Ontology terms within the gene expression profile of Hdac1-deficient embryos. (A) Biological process (GO:0008150), (B) Molecular funct... MR Harrison,AS Georgiou,HP Spaink,... 被引量: 0发表: 2011年...
# 示例数据框go_data<-data.frame(Term=c("GO:0008150","GO:0009987","GO:0003674"),Enrichment=c(2.5,3.1,4.2),PValue=c(0.01,0.001,0.005),Count=c(5,3,4)) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 使用ggplot2绘制气泡图 下面的代码展示如何使用ggplot2绘制GO气泡图,并调整纵坐标的字体大小。