gene_list <- godata[["GO:0008150"]] # 获取与生物学过程相关的基因 您还可以使用其他函数来获取与其他GO术语相关的基因,比如与分子功能(GO:0003674)或细胞组分(GO:0005575)相关的基因。 2. 如何在R语言中使用下载的GO基因集进行基因功能注释? 在R语言中,您可以使用下载的GO基因集进行基因功能注释,以了解基...
=None:parents_list=list(goterm_obj.get_all_parents())all_goterm_list=list(set(all_goterm_list+parents_list))else:all_goterm_list.remove(goterm)continue# remove top level# GO:0003674 molecular_function# GO:0005575 cellular_component# GO:0008150 biological_processall_goterm_obj_list=[obofile...
1、gene2go:第一列为基因ID(GID),第二列为GO条目(GO), 第三列为IEA(EVIDENCE) 。括号里是列名 原始的格式是:基因1/GO1,GO2,GO3,...GOn,如下图 需要整理为: 基因1/GO1 ... 基因1/GOn 例: SoffiXsponR570.01Ag000100 GO:0003674 SoffiXsponR570.01Ag000100 GO:0005096 SoffiXsponR570.01Ag000100 GO...
AI代码解释 >k<-keys(org.Hs.eg.db,keytype="ENTREZID")[1:3]>select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns=c("GO","ONTOLOGY"),keytype="ENTREZID")'select()'returned1:many mapping between keys and columnsENTREZIDGOEVIDENCEONTOLOGY11GO:0002576TASBP21GO:0003674NDMF31GO:0005576IDACC 这里的代码只是根...
# 示例数据框go_data<-data.frame(Term=c("GO:0008150","GO:0009987","GO:0003674"),Enrichment=c(2.5,3.1,4.2),PValue=c(0.01,0.001,0.005),Count=c(5,3,4)) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 使用ggplot2绘制气泡图 下面的代码展示如何使用ggplot2绘制GO气泡图,并调整纵坐标的字体大小。
2 1 GO:0003674 ND MF 3 1 GO:0005576 IDA CC 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 这里的代码只是根据Entrez ID 得到了GO注释信息,其实这个R包也包含了gene symbol, ensembl id等很多其他的基因ID。
如果物种是人可以根据基因名的类型来指定,比如symbol或者entrezid等。但是自己构建的OrgDB如何指定这个参数还不太清楚。后来发现不构建orgdb也可以做GO或者KEGG的富集分析,可以使用enricher()函数。下面记录利用eggnog-mapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析做GO和KEGG富集分析的过程。
(geneID2go_list)## $`1`## [1] "GO:0002576" "GO:0003674" "GO:0005576" "GO:0005576" "GO:0005615"## [6] "GO:0008150" "GO:0031012" "GO:0031093" "GO:0034774" "GO:0043312"## [11] "GO:0070062" "GO:0072562" "GO:1904813"library(topGO)goID2gene_list <- inverseList(geneID2go...
GO:0003674 Pg_S3686.2 molecular_function ... ... ... go2name.tsv:GO term对应的功能描述文件 首先需要去GO下载GO的obo文件,这里我使用go-basic.obo然后我写了个脚本可以把obo文件解析为如下格式: http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo GO DESC CLASS GO:0000001 mitochondrion inheritance bi...
利用 agriGO 网络服务进行 GO 富集分析 利用agriGO网络服务进行GO富集分析 苏震，徐文英，杜舟，周鑫1.分析目的 随着生命科学的发展，越来越多的基因功能被实验验证或者预测推导，但如何规范地注释这些基因是一个难题。基因本体论（Gene Ontology，GO）是一个在生物信息学领域中广泛使用的本体，应用于基因的功能注释和...