GO介绍 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行标准化描述,即对基因产物进行注释,通过GO富集分析可以了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位,…
GO分类图详细介绍及0代码绘制教程方法!, 视频播放量 5354、弹幕量 1、点赞数 36、投硬币枚数 12、收藏人数 118、转发人数 19, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.com.cn,相关视频:富
我们想看看这些基因主要集中在哪些功能上。 本文示例数据是大概600个动物miRNA的靶标基因,这些靶标基因大约有20000个,分布较多的60个GO功能(3个大类:biological_process,cellular_component和molecular_function,每个大类的分布基因数量最多的20个功能),首先要统计到这些功能对应的基因数目。 数据格式原本是这样的: *第...
手把手教你用EXCEL做高大上的GO分类图 首先，我们先了解一下数据结构，GO注释包含三个主要分支，即：生物学过程（Biological Process），分子功能（Molecular Function）和细胞组分（Cellular Component），因此各个公司给出的结果图如下：这样我们就需要整理出二级分类及三级分类数据及每个分类数据的相应基因数（在此...
手把手教你用EXCEL做高大上的GO分类图 首先,我们先了解一下数据结构,GO注释包含三个主要分支,即:生物学过程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component),因此各个公司给出的结果图如下: 这样我们就需要整理出二级分类及三级分类数据及每个分类数据的相应基因数(在此以不同的组合...
第二步,画图。 初步得到的图真是粗俗不堪,下一步就要进入美化阶段了。 (1)将图片放大到足够显示每个小的go分类,可以看清楚文字; 增加纵坐标标题,“设计”—“添加图表元素”—“轴坐标”—“主要纵坐标轴”,手动输入“Number of genes”; (2)删除图表标题,若需要可以保留,将图例拖至右上角; (3)设置网格线...
小编最近在整理各种转录组数据,悲催的是小编不会编程,这不是难为人吗?不过好在我的excel分析用的还算说得过去,且看我们怎样通过excel画出高逼格的go分类图吧。 首先,我们先了解一下数据结构,GO注释包含三个主要分支,即:生物学过程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component),因...
专栏/GO分类图详细介绍及0代码绘制教程方法【百迈客生物】 GO分类图详细介绍及0代码绘制教程方法【百迈客生物】 2023年12月30日 23:183浏览· 0点赞· 0评论 视频地址: GO分类图详细介绍及0代码绘制教程方法【百迈客生物】 山山山寨主子 粉丝:0文章:1 关注...
(data)),labels=data$GO_term) #对数据按GO_term排序 ggplot(data,aes(x=GO_term,y=Number_of_Genes,fill=GO_category)) + #定义X轴,Y轴的数据和颜色填充 geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(0.7),width=0.8,aes(x=dorder)) + #定义柱形图的宽度和间距 coord_flip() + #转换横纵...
前言:有些情况下我们的GO富集分析会得到大量的terms,需要根据个人的需求对terms进行归纳分类,并对不同的大类作图展示。 样图: 将BP功能按需求分为三大类展示前10个terms 实现过程: rm(list=ls())setwd("F:/LD210309")library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggpubr)library(Cairo) ...